《凤唳九天》讲述了姚莫心重生复仇的故事。在夜君清搭救姚莫婉即重生后的姚莫心的时候二人都坠下悬崖，姚莫心带着昏迷的夜君清找了大夫，夜君清将姚莫心带回王府。
姚莫婉背着昏迷的夜君清逃离崖底，看到远处追来的杀手，危难之际刚好一位驾车的老者救了他们俩，还将他们带回了家中照料。姚莫心以夫妻二人惨遭歹人劫色不成反遭追杀为由，恳请老者留二人借宿养伤。为夜君清采药治伤时，姚莫婉脑海中闪现了一些关于草药医书以及和夜君清的记忆碎片
在姚莫婉的细心照料下，夜君清终于醒了过来，但在得知腰间玉佩被当作药费给大夫时，向姚莫婉生气大吼表明那块玉佩比自己的命还要重要，不顾伤口坚持去找回玉佩，姚莫婉只好一个人去找大夫拿回玉佩，但因山路湿滑摔倒。老者告知夜君清，这些天都是他妻子整日在旁照顾他，让他要好好珍惜。话刚说完，姚莫婉满脸泥泞地回来，并表示深更半夜地找不着玉佩，夜君清心软感谢她对自己的照顾。
丽妃请来一招魂师在姚莫心寝宫举行招魂仪式，夜鸿奕看见后生气地让人押走巫师，并劝阻丽妃不要听信这些巫术，丽妃表示自己也是心疼夜鸿奕，想唤醒自己的妹妹。
夜君清和姚莫婉因谁睡床的事又吵架了，原本分塌而眠的两人应该相安无事的，不过老者之妻送来被子，为了不露馅，姚莫只好和夜君清睡在一张床上，但夜君清不愿意，最后在姚莫婉的坚持下，还是妥协了。
夜鸿奕陪在姚莫心旁，看着手中玉佩，回想起与姚莫心那场寒酸的婚礼，俩人在无亲朋宾客的面前私定终生，并许下相爱一生、决不负她的承诺。看着昏迷不醒的姚莫心，夜鸿奕心里十分痛苦。
先醒来的夜君清发现自己和姚莫婉抱在了一起，想挣脱却没有成功，原来姚莫婉早醒了，俩人在较量到底谁会先松手，好在老者之妻前来敲门解了困。
饭馆里的杀手看见了大夫手中属于夜君清的玉佩，便上前逼问玉佩出自何处，大夫只好如实相告。
夜姚俩人来到河边，闲聊中听到姚莫婉的话，夜君清突然把莫婉看成了莫心。夜君清应姚莫婉请求，给她取名念心。问及为何救自己性命，姚莫婉答因为夜君清是自己的人，然后就不好意思地逃开了。俩人回到老者家，发现夫妻俩人都被杀死了，就在离开之际，一伙杀手出现，交锋时奔雷前来救驾，还把一个杀手放走，扬言战场见，丢失的玉佩也回到了主人身上。当问及姚莫婉身份时，本想撇开关系的夜君清只好无奈将其带回府中。
朝堂之上，有臣启奏要收回肃亲王手中的边关军权，但桓横将军反对这样做，正要争执时，夜君清入朝归来，夜鸿奕赐封其为神威大将军，令其好生休养。私下里夜鸿奕得知夜君清延误归京乃是大㻿所为，言道会让其付出代价，同时命夜君清负责此次秋猎的皇家安全守备，并告诉他姚莫心暴病不起一事。
走在宫道上，夜君清回想起临行前，姚莫心前来送行，俩人还相约归来后再一同饮酒的约定。
