国亡被囚
此后不久，元好问赴京调金中央政府任尚书省令史，移家汴京。此后又升任左司都事，又转任尚书省左司员外郎。官至翰林知制诰。
天兴二年（1233年），蒙古军围汴京，元好问被围城中。金哀宗逃出京城，兵败卫州后逃往归德府。
朝中无主，崔立率兵向蒙古请降献城。崔立投降蒙古后，胁迫朝臣为自己立碑歌功颂德，元好问、王若虚、刘祁等都被迫参加撰写碑文，磨掉宋徽宗所立《甘露碑》字迹，刻上碑文。
天兴二年（1233年）四月，蒙古兵攻破汴京，元好问即向当时任蒙古国中书令的耶律楚材推荐了五十四个中原秀士王若虚等，请耶律楚材予以保护和任用。
金亡后，元好问随金朝大批官员被俘，并被押往山东聊城看管两年，后居住冠氏县。元好问作为囚徒，与家人辗转于聊城等地，并逐渐与蒙古国的汉军首领严实、赵天锡等接上关系，生活逐渐好转，行动也较为自由。
这期间，他痛心金国的沦亡，并为了以诗存史，勤奋编辑金国已故君臣诗词总集《中州集》。以“中州”名集，则寓有缅怀故国和以金为正统的深意。