治平元年（1064年）五月，赵曙病体恢复，曹太后撤帘还政。赵曙亲政仅半个月，宰相韩琦等人就向他提议请求有关部门讨论赵曙生父的名份问题。当时仁宗逝世已有14个月，赵曙批示，等过了仁宗大祥（中国古代汉族丧礼仪式之一，父、母丧后两周年（即第二十五个月）举行的祭礼）再议。
治平元年（1064年），京畿、宋、亳、陈、许、汝、蔡、唐、颍、曹、濮、济、单、濠、泗、庐、寿、楚、杭、宣、洪、鄂、施、渝等州，光化军、高邮军发生大水灾，赵曙派遣使臣巡视，疏治河道，赈济抚恤灾民，免除灾民赋税。
同年，西蕃瞎毡的儿子瞎欺米征归附宋朝。
治平二年（1065年）农历四月初九，韩琦等再次提出赵曙生父的名份问题，于是，赵曙出诏将议案送至太常礼院，交两制以上官员讨论。由此引发了一场持续18个月的论战，这就是北宋史上的“濮议”事件。
治平三年（1066年），中书大臣共同议事于垂拱殿，当时韩琦正在家中祭祀，赵曙特意将其召来商议，当时即议定（赵曙生父）濮王称皇考，由欧阳修亲笔写了两份诏书，交给了赵曙一份。到中午时分，太后派了一名宦官，将一份封好的文书送至中书省，韩琦、欧阳修等人打开文书，相视而笑。这份文书正是欧阳修起草的诏书，多了太后的签押。赵曙便立刻下诏停止讨论。同时又将宰相与执政们召来，商量如何平息百官的情绪，以稳定时局。赵曙最后同意了欧阳修等人的意见，将吕诲等三名御史贬出京师。
治平三年（1066年）十一月初八，赵曙再次生病，同年十二月在宰相韩琦的建议下，立长子赵顼为太子。