以往史学界对三藩之乱众说纷纭，或者认为它是一场“清廷与其‘老牌奴才’之间的‘大火并’”，或者认为它是明清之际民族矛盾的继续和发展。因此，需要对三藩之乱的性质再做一些分析和考察。
三藩在变乱后发布的檄文中，指斥清朝统治者“窃我先朝神器，变中国冠裳”，声称要“共奉大明之文物，悉还中夏之乾坤”，这正是利用了当时的社会形势，反映了当时的社会矛盾。
三藩先是给满清八旗当急先锋，一路打出国境灭掉明裔，后来发现满清皇族还是不拿它们当自己人早晚下手削藩，于是打着驱除鞑虏的旗号造反了，可是这个时候亿万汉人已经不相信它们响应它们了，最终三藩丢掉了自己的性命。当三藩自己造反的时候，已经是没有什么人肯相信了。毕竟这时候再提“忠于汉室，精忠报国，驱逐鞑虏”的把戏，已经晚了。三藩当年杀汉人，绞朱氏的那血淋淋的兵器，仍萦绕在眼前。三藩至江南时汉人无一响应吴三桂。
早在顺治死时，吴三桂拥兵北上入祭，兵马塞途，居民走避，清廷恐吴三桂生变，命其在城外张棚设奠，礼成即去。康熙帝亲政数年，深知朝廷中外之利害和前代藩镇之得失，曾说：“朕听政以来，以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜厪念，曾书而悬之宫中柱上。”康熙六年，吴三桂以目疾请解除总管云贵两省事务，以相试探。康熙帝命吴三桂将所管各项事务交出，责令云贵两省督抚管理。云贵总督卞三元、提督张国柱、李本深合词请命平西王仍总管滇黔事务。康熙帝以照顾吴三桂身体为理由，予以拒绝。
康熙十二年三月，平南王尚可喜疏请归老辽东，留其子尚之信继续镇守广东。经户、兵两部和议政王贝勒大臣集议，认为如果尚之信拥兵留镇广东，跋扈难制，康熙帝遂诏令尽撤全藩。吴三桂和耿精忠得知不能自安，在同年七月先后疏请撤兵，以试探朝廷意旨。经户、兵二部确议，吴三桂及所部五十三佐领官兵家口应俱迁移。疏下议政王大臣会议，大学士索额图、图海等多以为三藩不可迁移。惟有刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等力请徙藩。康熙帝再命议政王贝勒大臣及九卿科道会同确议，画一具奏。诸王以下所见不一，仍持两议。康熙帝考虑到藩镇久握重兵，势成尾大，非国家之利；又以为吴三桂之子，耿精忠诸弟都宿卫京师，谅吴、耿二人不能发动变乱。遂下令三藩俱撤还山海关外。