虽然有了流血冲突但是和解却是有可能的，因为支持约克的贵族反对的只是宫廷的小圈子的成员，萨默塞特死去之后，大多数贵族赞成和解，亨利六世也不希望再流血。但是王后却不这样认为，圣奥尔本斯战死的那些人的继承人支持王后玛格丽特。
不久，玛格丽特再次集结军队向约克派在威尔士边境的勒德洛进发，在路孚德桥战役中约克方失败，公爵逃到爱尔兰，他的儿子、约克的继承人爱德华（马奇伯爵）及索尔兹伯里伯爵及其子沃里克伯爵逃至加来。1460年加来的约克派军队卷土重来并在北安普敦战役击败了王家部队，理查认为不能再和解，因为只要宫廷派再次强大自己就没有活路了，他向议会要求继承英格兰王位。
对于理查的要求贵族们还没有同意，包括两位内维尔家的伯爵，他们只是承认亨利有生之年担任国王，约克公爵理查德为亨利的继承人，但是玛格丽特王后和王子逃过了而且不同意亨利继承王位，因此他们去苏格兰境内的贝里克，并在12月以新兰开斯特军队的首领出现。约克和索尔兹伯里率小股部队仓促迎战，援军未到就投入战斗的情况下约克军队在韦克菲尔德战役被击溃，约克公爵理查本人阵亡，死后其首级被挂在约克郡城门上示众，佩戴了一顶纸王冠。
玛格丽特进军伦敦，再次与约克派战于圣奥尔本斯，第二次圣奥尔本斯战役的结果是沃里克被击溃。但是伦敦人害怕北方人进城，因此紧闭城门。沃里克设法与约克的长子爱德华部队汇合，爱德华胜利进入伦敦城并在威斯敏斯特即位，亨利和玛格丽特撤到约克郡，爱德华部队在后追赶在陶顿的一次大风雪中双方激战（陶顿战役），玛格丽特部队惨败，国王和玛格丽特逃亡苏格兰避难，1461年，理查的儿子爱德华成为约克王朝的第一位国王（爱德华四世）。
开始的几年玛格丽特招募苏格兰人和法国人加入勤王军，有过几次小的胜利但是没有任何的威胁，最后王后带着孩子回到了法国。1465年国王在兰开夏郡被俘，关进了伦敦塔。
1470年亨利六世被他的敌手沃里克伯爵从伦敦塔内放出，沃里克伯爵向亨利六世请求饶恕，亨利六世复辟了，复辟期间亨利都是个傀儡，而沃里克才是操纵者。沃里克因得到法国国王路易十一的支持而向勃艮第公爵大胆查理宣战，激怒了查理，而查理的继室恰恰是爱德华的妹妹。
在查理支持下，1471年3月爱德华重新在约克郡登陆，并迅速打败了沃里克，进入伦敦，亨利再次陷入爱德华的手中。复活节当天，沃里克的军队在巴内特战役中被击溃，沃里克被杀。王后玛格丽特虽然再次登陆，但在丢克斯伯里战役被打败，王子威斯敏斯特的爱德华战死，玛格丽特被俘关在了伦敦塔。
随后亨利六世在伦敦塔内被杀害。兰开斯特王朝为约克王朝取代。杀死他主要为政治考虑，防止其它贵族再以亨利的名义反对新国王。亨利六世的遗体先被埋葬于切尔西修道院，后又转移至温莎城堡。
1485年，亨利·都铎的军队在博斯沃思战役击败了理查德三世的军队，亨利成了国王亨利七世。亨利通过娶爱德华四世的女儿、约克家族最佳的继承人约克的伊丽莎白为妻来巩固他的统治。这样，他重新统一了两个王族，把红玫瑰和白玫瑰这两个对立的符号合并到红白都铎玫瑰的徽章中。
亨利通过一有机会就处决其他可能的王位继承人（如爱德华四世的侄子沃里克伯爵爱德华）来确保他的地位，其子亨利八世继续了这个策略，至此持续了32年之久的英国历史上的红白玫瑰战争就此结束。
（有一部分学者认为认为玫瑰战争直到1487年的斯托克战役之后才结束，该战役因一名王位的伪冒者的出现而发生，一个名为兰伯特的男孩长得很像约克家族的继承人沃里克伯爵。其间理查德三世的外甥和王储林肯伯爵约翰·德·拉·波尔也曾向亨利七世发难，事败被杀。）
