卫国战争
1941年7月21—30日他任西方向参谋长（辅佐谢苗·铁木辛哥），后接替脾气火暴的格奥尔吉·朱可夫复任总参谋长，在其直接参与下制订了苏军1941—1942年准备和实施的一些重大战役（斯摩棱斯克战役、1941年底一1942年初苏军的冬季反攻和总攻）的作战方案。
为此登上美国时代周刊封面，他虽然深受斯大林敬重，斯大林总是尊敬地称呼沙波什尼科夫的名字和父名“鲍里斯·米哈伊洛维奇”，是当着斯大林的面唯一被允许抽烟的人，但性格偏于软弱，遇事不敢力争，他不同意斯大林的1942年夏季反攻计划，又无法阻止。
1942年5月以身体多病，不适应剧烈的战争活动为由，推荐弟子华西列夫斯基接任总参谋长，改任副国防人民委员养病。
1943年6月—1945年任总参军事学院院长。1945年3月26日病逝。
如何评价沙波什尼科夫？
他谙熟马克思列宁主义的研究方法，具有丰富的司令部工作和指挥部队的实践经验，对苏联武装力量建设的理论和实践，对巩固和完善武装力量及培养军事干部，做出了重大贡献。
在发展苏联军事科学和总结国内战争的作战经验方面，进行了大量的、卓有成效的工作。他参加了条令制定委员会的工作，这些条令反映了苏联军事理论的基本原则。
他在《军队的大脑》这部具有重大价值的著作中，阐述了关于未来战争性质的基本观点，深刻揭示了指导现代化战争的特征，提供了作为最高统帅部指挥武装力量机关的总参谋部的作用、职能和机构的广泛知识。卫国战争年代总参谋部的活动，证明了这部著作中所提出的基本思想和观点的正确性。
