政治冲突
此时的西藏，政局动荡，政治矛盾已到达了极其尖锐的时期。早在明末清初，黄教为取得西藏统治权，联合蒙古四部之一的和硕特部，用武力击败了当时执政西藏的藏巴汗及噶玛噶举派。但和硕特部军队在西藏取得胜利后，长期屯驻当地不退，黄教与和硕特部实力悬殊，始终不能夺回大权。
五世达赖圆寂后，桑结嘉措便开始了与和硕特汗王的斗争。如今的一些藏族历史研究者认为，桑结嘉措受到历代诟病的行为，都是为了击败和硕特部以获得民族自治，比如密不发丧，以五世达赖名义向清政府请封为王，借助准噶尔军事力量等等，不能简单地视作个人篡权阴谋。
康熙四十年（1701年），固始汗的曾孙拉藏汗继承汗位，与第巴（即藏王）桑结嘉措的矛盾日益尖锐。
康熙四十四年（1705年），桑结嘉措终于决定先下手为强，他秘密派人在和硕特首领拉藏汗的饭中下毒，却被发现，拉藏汗大怒，立刻调集大军击溃藏军，杀死桑结嘉措，并致书清政府，奏报桑结嘉措谋反，又报告说桑结嘉措所立的六世达赖仓央嘉措沉溺酒色，不理教务，不是真正的达赖，请予贬废。康熙皇帝于是下旨：“拉藏汗因奏废桑结所立六世达赖，诏送京师。”
圆寂
据传在康熙四十五年（1706年），仓央嘉措在押解途中，行至青海湖滨时，坐下打坐，因此圆寂。
