高太后和元祐大臣们所做的一切，对于赵煦来说，负面影响非常大。少年老成的赵煦面对不将自己放在眼中的高太后和元祐大臣，也会用他自己的方式表示反抗。每次大臣向赵煦和高太后奏报时，赵煦都沉默不语。
有次高太后问赵煦为何不表达自己的看法，赵煦回道：“娘娘已处分，还要我说什么？”弦外之音就是自己无非是一个摆设而已。赵煦常使用一个旧桌子，高太后令人换掉，但赵煦又派人搬了回来。高太后问为何，赵煦答：“是父皇（神宗）用过的。”
高太后心中大惊，知道他将来必会对自己的措施不满。大臣刘挚曾上疏，让高太后教导赵煦如何分辨君子和小人。高太后说：“我常与孙儿说这些，但他并不以为然。”高太后由此愈加担心，当然更不敢放下权力。
随着高太后的衰老和赵煦的成长，不仅旧党成员，连高太后也感到山雨欲来、新党复起的政治气氛。元祐八年（1093年）八月，高太后垂危时，她告诫范纯仁和吕大防等人：“老身殁后，必多有调戏官家者，宜勿听之，公等宜早求退，令官家别用一番人。”
实际上是已经预感到赵煦准备起用一批新人，要他们提前准备，尽早退出朝廷，以保全身家性命。后来事实证明，赵煦亲政后，凡是高太后垂帘时弹劾新党和罢免新法的官员几乎无一人幸免于报复。
高太后去世后，赵煦亲政。赵煦亲政后，表明绍述，大力打击元祐大臣，追贬司马光，并贬谪苏轼、苏辙等旧党党人于岭南（今广西、广东、海南一带），甚至在章惇等人挑拨下，直指高太后“老奸擅国”，欲追废其太后称号及待遇。
但他接着重用革新派如章惇、曾布等，恢复王安石变法中的保甲法、免役法、青苗法等，减轻农民负担，使国势有所起色。次年改元“绍圣”，并停止与西夏谈判，多次出兵讨伐西夏，迫使西夏向宋朝乞和。
元符三年正月十二日（1100年2月23日），赵煦病逝于开封府，年仅二十四岁，在位十五年。四月，谥号宪元显德钦文睿武齐圣昭孝皇帝，庙号哲宗。八月，葬于永泰陵。
崇宁三年（1104年）七月，加谥为宪元继道世德扬功钦文睿武齐圣昭孝皇帝。
政和三年（1113年），改谥宪元继道显德定功钦文睿武齐圣昭孝皇帝。
