异常重力说
美国宇航员有一次在飞越百慕大三角区上空时，拍摄了分辨率极高的海平面照片。后经分析发现，波多黎各海沟上方的海平面，要比其他海域凹陷25米。这种异常状况，照理会形成强大的海洋回转流，事实上却没有。事后一些科学家对波多黎各海沟作了探测。发现它深达9215米，故不会产生回转流。
这处海沟之所以特别深，据这些科学家考证，是由于沟下地壳内聚集着许多非同寻常的超重物质。这些物质产生出一股强大的吸引力，即异常重力，把海沟拉得紧紧的，同时又使海沟上方的海水向下陷落。科学家们由此推测，当轮船一旦进入突然低下25米的海面时，又受到异常重力场的作用，就会出现种种难以想象的复杂局面，造成不堪设想的恶果。
超自然力量说
由于种种科学假说都不能令人信服，于是有人提出在百慕大三角区存在着超自然的力量，认为“三角区”的海底是发射火箭和飞碟的根据地，也是接待来自其他假想星球的宇宙飞船的最理想地点。据说，在地球的史前阶段，很可能有来自其他星球的宇航人，发现了百慕大三角区这个地理特点，就在这里的海底安装了强大的能源点和信号系统。设想这种装置至今仍在运转，向宇宙空间按时发出信号，指引外星球的宇航员更安全地靠近地球。
而当这些水下装置定时运转时，它发出的强大光信号不仅会直接而严重地影响导航仪器或人的器官，而且会把这时出现在三角区的船只和飞机击毁。近现代以来，世界上关于飞碟的报告不断增多，而在佛罗里达—巴哈马群岛地区发现得最多，于是有人推测在三角海区船舶和飞机的失踪都是飞碟所为，并且似乎有确凿的证据。
1963年，美国海军在波多黎各东南部的海面下发现了一个“怪物”，于是就派了军舰追踪，一直追了四天，也没追上，它有时钻到8000米深的海底，人们发现它有一个螺旋桨。此外，西班牙沿岸采海绵的工人曾在海底看到过一种很大的、圆顶透明的怪东西。这些现象使人怀疑三角区可能是一个海底发射场，飞碟就是从这个海底基地发射的。可以想见，这一推测幻想的成分更大。
甲烷爆炸说
自挪威北极圈大学的研究人员在百慕大三角附近的巴伦支海海底发现了多个巨大的坑穴，这些坑穴的宽度约805米、深度约为46米，是由临近海岸的甲烷累积爆炸形成。他们认为，甲烷爆炸可能对在巴伦支海航行的船只构成威胁。有专家指出，巴伦支海底因甲烷爆炸而形成的坑洞，也有助解释百慕大三角船只和飞机失踪之谜。
据科学家介绍，该海域的海底深处存在丰富的天然气储备，天然气（主要成分为甲烷）慢慢泄漏，积年累日之下甲烷堆积在海底形成空洞，这些充满甲烷的空洞最终发生爆炸。研究人员表示，海底爆炸可能给爆炸时正好在海面上航行的船只造成危险，从而解释了百慕大三角地区船只失踪的真正原因所在。
以上种种说法，每一种都有一定的合理性，但它们都只能解释某种现象，真正的原因究竟是什么，这还有待研究的进一步深入。
