交战失利
公元27年（建武三年）春，邓禹率部至湖县（今陕西潼关东），邀冯异共同迎战赤眉军。冯异认为赤眉军尚强，应放其过去，东西夹击才能获胜。邓禹及其部将车骑将军邓弘邀功心切，急于迎战。邓弘率部与赤眉军大战整日，赤眉军佯败弃辎重退走，车上尽装泥土，仅用豆子覆盖在表面，邓弘军士卒争相取食。赤眉军乘机还军猛攻，邓弘军大败。邓禹、冯异合兵救之，赤眉军退。禹复战，大败，死伤3000余人，只带24骑逃归宜阳。冯异亦被击败，弃战马徒步逃出，退至回豁阪（位于湖县西），坚壁自守。
邓禹因此战失利，引咎交上大司徒﹑梁侯印绶。数月后，拜右将军。
晚年生活
公元28年（建武四年）春，邓禹与复汉将军邓晔﹑辅汉将军于匡在邓击败延岑，邓禹追至武当，再破其军，延岑逃往汉中，部众都投降。
公元37年（建武十三年），天下平定，刘秀加封功臣，封邓禹为高密侯，食邑高密﹑昌安﹑夷安﹑淳于四县。光武帝因邓禹功高，又封其弟邓宽为明亲侯。后来左右将军的职衔撤销了，按特进朝见皇帝。邓禹内尚文明，行为忠厚淳朴而且周密，服事母亲非常孝顺。天下已经平定，常常想疏远名势。有子女十三人，让他们各掌握一门技艺。整饬家规，教养子孙，都可以成为后世的楷模。一切用度都取之于封地赋税，不修私产不谋私利。因此刘秀更加尊重他。
公元56年（中元元年），再代理司徒职务。从帝巡视山东，到泰山筑坛祭天。
刘庄即位后，因邓禹是先帝元勋，拜为太傅，朝见时令他东向站立尊如宾客，甚见尊宠。居岁余，卧病，刘庄几次亲临问候。
公元58年（永平元年），邓禹去世，享年五十七岁。谥曰元侯。
