在消灭地方割据政权并收复北方失地的同时，刘裕也对当时的政治、社会各方面的问题，进行了全面的改革。
义熙七年（411年），针对东晋以来，朝廷的纲纪松弛紊乱，权贵之门互相兼并，老百姓流离失所，不能保持自己的产业的情况，刘裕施行土断，禁止兼并，会稽余姚的世家大族虞亮藐视国法隐藏逃亡人员一千多人，对抗刘裕的改革。刘裕铁腕诛灭了虞亮，罢免了包庇他的会稽内史，法办了大批涉事的士族及官员，一时士族豪强肃然，谨慎规矩，远近遵法守纪。
就在这一年，刘裕恢复了秀才、孝廉策试的制度，这就阻断了门阀士族的仕进之途。之前州郡所送的不经策试的秀才、孝廉多非其人，大约都是以门第关系进来的。
刘裕“申明旧制，依旧策试”，一方面把决定权更多地集中在朝廷，一方面限制和打击了门阀和豪强的势力。
义熙八年（412年）十一月，刘裕在江陵消灭刘毅的反对势力后，即下书整顿荆州、江州户籍租役和不利于民的一些征敛，规定：“凡租税调役，悉宜以见户为正。州郡屯田、池塞，诸非军团所资利入守宰者，今一切除之。州郡县吏，皆依尚书定制，实户置台调，癸卯梓材，庚子皮毛，可悉停省，别量所出。巴陵均折度之，依旧兵运。原五岁刑以下，凡所质录贼家余口，亦悉原放。”
东晋以来，山湖川泽多为门阀和豪强霸占。一般老百姓使用，要向他们纳税。
义熙九年（413年），刘裕下令禁断这些人封固山泽。据《宋书·武帝纪》载：“先是，山湖川泽皆为豪强所专，小民薪采渔钓，皆责税直。至是，禁断之。”
同年，刘裕规定实行土断法。东晋以及后来的南朝，实行过多次土断，成效显著的是桓温和刘裕这两次。刘裕这次土断，只有“徐、兖、青三州居晋陵者，不在断例，诸流寓郡县，多被并省”。
刘裕在完成了上述政治上和军事上的措施，东晋朝显然再没有存在的余地了。公元420年刘裕废晋恭帝自立，建国号为宋，史称刘宋，是为宋武帝。
