1867年11月间，龙马在《船中八策》的基础上，提出了《新政府纲领八策》。1867年11月15日夜，坂本龙马来不及看此提议的成效就在京都酱油商近江屋遭暗杀，当时正与中冈慎太郎谈话，被刺杀身亡。亦被刺的中冈慎太郎在2天后死亡。
坂本龙马死后，幕府并无意接受大政奉还的提议，德川庆喜率兵前往大阪，萨摩、长州两藩阵营再次以武力进逼，德川庆喜败退江户。直到最后，萨长阵营以西乡隆盛为代表，幕府以胜海舟为代表进行和谈，幕府时代才正式告终。
庆应三年（1867年）第十五代将军德川庆喜在二条城里举行了大政奉还的仪式，天皇颁布《王政复古令》，废除幕府，标志着日本进入明治新政府时代。
1868年明治维新开始了，对日本进行了大刀阔斧的多项改革，封建体制被摈弃，引进西方的政治体制，包括了西方的法律体系以及政府体系。
此外，其他在经济、政治、军事上的多项改革使日本强大起来。1879年，日本强行吞并了琉球国（琉球群岛）。日本随之膨胀的野心也导致了之后的中日甲午战争（1895年）以及日俄战争（1905年）。在这些战争中日本占领了朝鲜、台湾等多处领地。
大政奉还后，天皇按古制重新接掌政权，日人亦要从上古大和文化中寻找民族主义的基础，民间出现一片复古热；但明治维新却同时大举引进西学，崇尚欧美文明。
新旧文化交替，也令文字改革呈现多元路线：学者们或提倡假名，或罗马字派，或新造文字、又或废除日语，转说英语；而罗马字派、假名派、新文字派在各自的派系内，对于应采用哪种书写方法又有分歧。
