逗留期间，五代友厚对晋作说：“尽管太平军有超人之勇，但在少数英法军队面前遭到惨败，今后是新式大炮和军舰的时代。”晋作深以为是，并邀友厚一起去观看新式大炮。
他认为：清政府之所以衰败，乃在于其不识防御外夷于外海之道。即不造能闯过万里波涛之军舰，也不造能防御敌人于数十里之外的大炮，并使彼国志士所译之《海国图志》绝版。因循苟且，空渡岁月，徒然提倡固陋之说。
该年8月，晋作一回到长崎，就自作主张匆忙代表本藩与荷兰商人草签了购买军舰的协定，这不仅为藩里拒绝，还被传为一时笑柄。9月，他在京都向正为斡旋公武合体而进京的藩主叙述了中国的形势，然后就前往江户，在勤学院中就任御用挂（负责官员）。
不久高杉晋作参加了席卷全国的攘夷运动，目的是迫使本藩不再斡旋于公武合体之间，把力量放到防长两藩国的富国强兵上来，即实现割据。
1863年1月，晋作在神奈川的下田屋与久坂玄瑞等11人歃血盟誓，策划暗杀外国人。
1月31日，他亲率13人火烧正在江户品川御殿山施工的英国公使馆。对于高杉晋作来说，袭击公使馆虽在形式上是攘夷，但他的目的是要求实行割据，得到藩政府的同意后，便效仿西行法师故事，自号东行，剃发隐居于萩市。
伊藤博文在他的彰显碑上写道：“如果要能动如雷电、发如风雨，使众目骇然，无能够正视者。我则比不上东行高杉君”
有人用“仰天大笑出门去，我辈岂是蓬蒿人”来评价他；因为高杉晋作爱酒爱美人，也有人评价他为“醉卧美人膝，醒握天下权”。
