后续发展
军机处唯一的一次尾大不掉，是在和珅担任领班时期。和珅掌权后，身兼军机大臣和御前大臣，打破了制衡的框架，要求“凡有奏折令具副本关会军机处”。如此以来，在制度设计上，就令军机处的地位大大提高，不仅参与决策，还实际掌控了信息渠道，皇帝被操纵的风险大大增加。
嘉庆帝在翦除和珅后，立即废除此条。此外，嘉庆帝还多次刻意地挫压朝臣中尊崇军机处的风气，并否决了一位官员提出的在奏折内将军机处抬写以示尊重的建议。嘉庆帝对于军机处的一连串打压，主要是基于对和珅专权的拨乱反正，他本人对于军机处的作用并不否定。在嘉庆时期，军机处被提高到了“平章军国重事”的宰辅地位。并且在制度的多方约束下，军机处的确在成为一只有力的臂膀的同时，并不伤及政权肌体。
道光帝时期，各处发往军机处的奏折必须先经皇帝之手之后，军机大臣才能阅览。道光三十年（1850年）咸丰帝继承帝位后，奕訢被封为恭亲王。不久他又进入军机处，咸丰帝又命他在内廷行走。咸丰十一年（1861年）成立总理各国事务衙门后，军机处之决策权渐移。
咸丰十一年（1861年）辛酉政变后，奕訢被授予议政王，在军机处担任领班大臣，军机处的权力大大提升。同时，自此直到裁撤军机处，由亲王担任领班军机大臣便成为惯例。所以慈禧太后与奕訢之间在权力上的矛盾、斗争日渐显露出来。随着太平天国的失败，清廷政局逐渐稳定下来，慈禧太后的统治地位也日趋巩固，于是就处心积虑地要削弱奕訢的权力。
同治四年（1865年），她以奕訢“目无君上”、“暗使离间”等罪名，下诏革除其一切差事。后出于政治需要，采取先打后拉的手法，仍令奕訢管理总理衙门，接着又恢复他的领班军机大臣职务，但取消了议政王的称号。从此，慈禧太后大权独揽，军机处和军机大臣的权力被削弱。
光绪十年（1884年），中法战争失利，奕訢受到“言路交章论劾”。慈禧太后乘机将奕訢等军机大臣全体罢黜，把他及其势力从军机处和总理衙门全部清洗出去。更换了醇亲王奕譞、礼亲王世铎、庆亲王奕劻等管理军机处，史称“甲申易枢”。奕劻、奕譞、世铎的行政能力远不如奕訢，但是对慈禧太后惟命是从。所以，“甲申易枢”后，慈禧太后的权势进一步扩大，军机处也变为慈禧太后统治的工具。
最终废除
宣统二年（1910年）九月，各省代表在资政院会议上提出要求颁布宪法、组织内阁、开设议院等要求，而且奉天的代表要求第二年就召开国会，并认为军机大臣责任不明，要求设立责任内阁。
宣统三年（1911年）五月八日，清政府在立宪派国会请愿运动的压力下，实行所谓“责任内阁制”。下令裁撤旧设内阁及军机处，成立由十三名国务大臣组成的新内阁，自此实行了180余年的军机处被废除。
