早在三月初田原坂战役仍在进行的时候，政府军便又编成了“背后冲击军”，该部队在熊本以南的日奈久、八代登陆，萨军陷入了腹背受敌的局面。
同日，萨军全线撤退，政府军跟踪追击，政府军于是亦解了熊本之围。政府军6月占人吉，7月克都城，8月取延冈。
明治十年（1877年）政府军9月追至西乡叛军的巢穴鹿儿岛城山，经过23天的围城战斗，岛城山被政府军攻破。明治十年（1877年）九月二十四日，西乡隆盛向在本营的洞窟前排列的官兵发出“冒死前进”的命令。
于是萨摩军冒着枪林弹雨向前冲，可是一个一个被政府军的子弹打倒，西乡隆盛的肩及右膝也中弹，不能步行。
西乡中弹后“徐徐跪坐，俨然正襟，向东遥拜”，最后命令身旁的别府晋介把自己了结，别府晋介只好流着泪大声叫道：“ごめんやったもんせ。”把西乡隆盛的首级砍下，终结了西乡隆盛一生，也终结了这场战争。
西南战争是倒幕运动的尾声，也是日本资产阶级革命余波。
随着倒幕派中大资产阶级、贵族与幕府封建地主阶级的妥协，天皇迁都幕府势力的江户。资本主义势力最强大的西南诸藩与东迁的中央政权矛盾也开始加剧，围绕如何建立日该国体，军事制度的对立使大批萨摩、长州、土佐等西南藩官员辞职。
西乡隆盛领导的下级士族起义代表了小生产者、小资产阶级的利益，他们与资产阶级的民权派、激进派关系密切。也是主张发展资本主义，反对大地主和大资产阶级，有浓厚的民族主义情绪。
西南战争失败后，由天皇操纵、主导政权的封建军国主义国家建立，标志着日本资本主义革命的结束。
