在这“南柯梦”中有个极为奇妙的“磨合”：佛教与儒家两家思想的矛盾与融合。
在第二十五出“玩月”中，瑶芳公主便让“孔子之道”与“佛教”的对立呈现出来，当淳于棼说“齐家治国，只用孔夫子之道，这佛教全然不用。”之时，瑶芳公主进行了辩说，更一针见血地提出了“俺国里从来没有孔子之道”，然而却安定有序，使得驸马淳于棼只好笑着同意。
然而，在周弁堑江一役战败拒擒之时，又是“老君王令旨旗”使他“伏”，他说：“这是俺为臣子识高低。”儒家所谓“君臣之道”正可由此窥见。可第三十五出“芳陨”中，蚁王一句“这是前生注定了今生也。”又把佛教的“生死轮回”之理以王之口加以肯定。
汤显祖对儒佛之道既有认同虔诚之心，同时又能作为时代的先行者对此二者进行反思与扬弃。这可以在他“晚年犹存的入世观念同不断增长的出世思想矛盾斗争的形象化”中窥见一斑。就淳于棼来说，他先是“岂贪图挂印封侯”，而后“喜今朝腾达飞黄”，最终乃大彻大悟。
结局收尾未免显得仓促，契玄禅师三言两语便使得淳于棼凡心脱尽、立地成佛，“醍醐灌顶”之速度着实过快。只不过，既然在梦中，所以儒佛思想即使有所龃龉也能因梦而化；既然在戏中，那么淳于棼最后的“峰回路转”也就有所依傍。
佛学尤其是禅具有对感性生命重视的特点，其情、理的思想也从反面促使汤显祖主情思想的形成；汤显祖的家世、交游影响了其精神世界“儒”与“佛”的二重归属，儒家具有“士志于道”的传统，“道”同时具有人间性格，汤显祖深受儒家思想的影响。
作为个性思潮中的特出人物，在《南柯记》中又体现出强烈的反思精神，反映了整体社会道德的失落以及土人出路的迷惘。成佛成仙是对现实存在的否定，它是手段，而不是目的。
禅作为宗教的同时，仍然保持对感性世界的兴趣，而不能简单地把佛教思想归为逃避消极一类，佛禅都对个体自由作了肯定，佛禅的积极影响也不可忽视。
