灭亡
401年（建和二年），利鹿孤改称河西王。同年三月，败后凉吕隆军，徙2000
余户而还。后又遣兵攻北凉临松，虏6000余户、沮渠蒙逊遣质请和，始还所掠，召军返。十二月，南凉攻围后凉姑臧，又攻昌松郡，执后凉太守孟祎。
402年（建和三年）三月，利鹿孤卒，弟傉檀立，更号为凉王，迁都乐都，改元弘昌，史称南凉。十月，傉檀攻后凉姑臧。十二月，后秦姚兴拜傉檀为车骑将军、广武公。
404年（弘昌三年），因后秦势盛，傉檀去除年号，向后秦称臣。
408年（弘始十年），傉檀击败后秦军，复称凉王，改元嘉平，置百官。
414年（嘉平七年），南凉连年不收，上下饥窘，傉檀率军西击乙弗鲜卑，留太子武台（虎台）守乐都。西秦乞伏炽磐乘机袭取乐都，俘武台等及百姓万余迁于枹罕（今甘肃省临夏市西南），傉檀降西秦，年终被毒死，南凉亡。共历3主，17年。
后裔
南凉亡后，原秃发氏部人大部分为西秦所统治，后西秦为夏所灭，夏被吐谷浑灭亡，西秦领域大部分进去吐谷浑，后又为北魏所占有。在陇西、河湟的乞伏、秃发鲜卑最终与北魏拓跋鲜卑同被汉化，青海省西宁市还留存着秃发氏的后代。
秃发鲜卑的另一部分贵族和部民则投归了河西的北凉。如傉檀弟、南凉湟河太守文支、傉檀兄子樊尼等。而傉檀子保周、破羌（即源贺）等在南凉亡后，也投奔北凉。
后北凉被北魏灭亡，在河西的秃发氏都归北魏统治，北魏封保周为张掖王，破羌为西平公等。源氏一族在北魏地位显赫，后裔源乾曜曾担任唐玄宗的宰相，已完全汉化，与汉官无别。此外《新唐书·吐蕃传上》载秃发樊尼后裔为吐蕃王族来源之一，云：“或曰南凉秃发利鹿孤之后，二子，曰樊尼（应为侄），曰傉檀（应为弟）。傉檀嗣，为乞佛（伏）炽盘（磐）所灭。
樊尼挈残部臣沮渠蒙逊，以为临松太守。蒙逊灭，樊尼率兵西济河，逾积石，遂抚有群羌云。”或谓秃发樊尼在北凉亡后，率部进入青海、甘南一带羌族聚居地，被同化于羌，形成党项中的拓跋氏。这些问题尚待进一步探究。
秃发鲜卑及其建立的南凉对河湟地区经济、文化的发展起了积极的促进作用。在利鹿孤和傉檀时，功课农桑，修筑和扩建城镇，使之成为河陇最为繁荣地区，从苑川至乐都、西平经扁都口至张掖的这段河西路的支线，曾招来了许多中外商人和僧人，在中亚陆路交通上起了一定作用。
