为什么不招摇的隆科多也受到整肃
在雍正即位后的近三年间，隆科多究竟为雍正做了什么？由于他参与密忽，迹近卧榻，所做的事情，几乎很少记载。有传言说，他经常陪雍正喝酒，雍正酒量极好，经常把隆科多喝得人事不省，雍正方令人把他抬出，而雍正自己还照常处理政务。从雍正即位后第一次朱批年羹尧的话看，隆科多毫无疑问参与机密，他与年羹尧一样，是雍正初年的台柱子，所以雍正称他为稀有大臣。
但隆科多究竟做了什么？大概是稳定政局、收拾反对雍正的人。由于他身任步军统领，又是总理大臣，由此可以想见，他与雍正常常密谋机密事情。雍正给年羹尧的朱批，经常有“除怡亲王、舅舅外，再不令一人知道”，就是说的这种情形。
与年羹尧张扬的个性不同，隆科多经历了太多惊心动魄的事，因此为官谨慎，在给雍正的奏折中，都用“舅舅奴才隆科多”这样谦卑的称谓。以他同雍正的交往和对雍正的了解，即便一时受到无比的宠信，他也不相信雍正会永远信任他。与年羹尧似乎要效力到底不一样，隆科多与雍正好像只是利用关系，是临时的合作和组合，因此他早就把财产转移到西山和亲属家中。他说过“白帝城之日”，就是死期已至之时。
雍正四年正月，年羹尧刚被赐死，隆科多成为“宠臣”中排在第一号的整治对象。但由于除掉允禩等反对力量迫在眉睫，雍正派隆科多去阿尔泰岭，与策妄阿拉布坦议定准噶尔与喀尔喀的游牧边界，之后再与俄罗斯划定边界。雍正明确对大学士、九卿说：隆科多有种种罪恶，应置重典，如果此次他能实心任事，朕必宽宥其罪；如果心怀叵测，朕必将他治罪。
雍正给隆科多派的这个“差”是“长差”，也是“边差”，用意是先把他挂起来，何时需要整治他，再让他回来。其次，让他远离京城，到边远之地，隔断他与朝中的联系。再次，就是让大臣放手揭发隆科多的问题，为将来整治做好准备。雍正的政治智慧确实高超
到了十月，顺承郡王锡保等遵旨审奏隆科多罪案四十一款，包括大不敬之罪五、欺罔之罪四、紊乱朝政之罪三、奸党之罪六、不法之罪七、贪婪之罪十六。
对刑部等拟定的罪行，雍正最在意的是康熙去世时，隆科多并不在御前一款。因为如此一来，等于雍正即位是“自立”，因此他特别召议政王大臣、内阁、九卿等，发布谕旨说：隆科多所犯四十一款重罪，实不容诛，但皇考升遐之日，召朕之诸兄弟及隆科多入见，面降谕旨，以大统付朕，是大臣之内承旨者唯隆科多一人。今因罪诛戮，虽于国法允当，而朕心则有所不忍。隆科多免其正法，于畅春园外附近空地，造屋三间，永远禁锢。赃银数十万，从家产中追完。
雍正为什么把隆科多囚禁在畅春园？有人认为，这是因为隆科多对康熙有罪，假传诏旨，雍正要他反省。而这个罪可能就是隐匿康熙遗诏。隆科多监押在畅春园不久，雍正又审理宗室贝勒延信的20大罪，与隆科多在一处监禁。次年六月，隆科多死于禁所。
