1754年，与果佛古尔、瓦瑟去日内瓦。受到日内瓦各界人士的热烈欢迎，恢复日内瓦公民权，重皈新教。起草《政治制度论》。后选取其中一部分出版为《社会契约论》。因厌恶频繁的社交生活，经常到树林里散步。
1756年，与瓦瑟迁往退隐庐，退隐庐是埃皮奈夫人的房产，卢梭在退隐庐期间受到埃皮奈夫人的资助。卢梭在退隐庐生活将近两年，尽管无法完全避免交际，他还是很享受这种孤独宁静的乡村生活的。
1757年，因与乌德托夫人恋爱一事，和狄德罗、格里姆、埃皮奈夫人闹翻。写《新爱洛伊丝》，沉浸在对故事情节的幻想之中。准备写《爱弥儿》。年底搬出退隐庐，迁至蒙莫朗西。卢梭在蒙莫朗西一直受到卢森堡夫妇的资助和庞护，直到《爱弥儿》一书出版为止。
1761年，《新爱洛伊丝》出版，受到女性读者的热捧。卢森堡元帅去世。1762年，因出版《爱弥儿》，法国法院对卢梭发出逮捕令，查禁他的书。在《爱弥儿》出版之前的一段时间内，卢梭渐渐感到气氛不对，但他认为自己是正直无辜的，因而并不慌张。巴黎大主教毕蒙对《爱弥儿》发出禁令，接着，巴黎高等法院也发出禁令，并下令追捕卢梭。之后长达八年的时间，卢梭直在逃难。在各种迫害、谴责甚至是密探的监视下生活，卢梭变得敏感多疑，以致后来不断怀疑身边的人要谋害他。卢梭只身从巴黎逃至日内瓦，日内瓦当局焚烧《爱弥儿》和《社会契约论》，并下令追捕作者。
1763年，逃至普鲁士辖内纳沙泰尔，和瓦瑟居住于莫蒂埃。结识乔治·吉斯元帅。接受普鲁士国王的庇护，但拒绝接受国王的馈赠。取得纳沙泰尔公民权，放弃日内瓦公民权。出版《致毕蒙教皇书》，抗议教会当局对他的迫害。
1764年，出版《山中书简》，责问日内瓦当局。科西嘉解放运动领袖德·布达福柯邀请卢梭为科西嘉起草宪法。
1765年，《科西嘉宪法草案》出版。谢绝普鲁士国王的年金迁居伯尔尼的圣皮埃尔岛，瓦瑟搬来和他同住。在享受几个月宁静的隐居生活之后，卢梭再次遭到驱逐。卢梭的《山中书简》和伏尔泰的《哲学辞典》在巴黎一起被焚烧。潜回巴黎。
1766年，在大卫·休谟的带领下，与瓦瑟前往英国休谟家避难，后与大卫·休谟发生冲突。后前往英国武通。编写《植物学术语词典》。写作《忏悔录》第一卷。卢梭写作《忏悔录》的目的，与其说是要忏悔，不如说是辩护。在逃难的四年中，卢梭经历种种迫害、诬蔑和攻击，他感觉有必要展示自己的所作所为，为他所受的不公正的待遇做些澄清。
1768年，与瓦瑟正式结婚。到格勒诺布尔进行植物学考察，和植物学家通信。以抄写乐谱为生。1769年，迁居布戈市农场居住。《英雄所需要的道德》写成。重新使用真名。1770年，重返巴黎，誊写乐谱和作曲，准备写《对话录》。参加植物学家儒锡叶领导的采集标本旅行。
1771年，在瑞典朗读《忏悔录》，后因埃皮奈夫人的请求，朗诵会被禁止。应波兰威尔豪斯基伯爵的邀请，写《对波兰政府及其1772年四月改革计划的考察》。1774年，结识生物学家拉马克。1775年，未经卢梭同意，他的歌剧《匹克马梁》在法兰西歌剧院成功演出。
1767年，英国友人帮他领取英王乔治三世赐给他的年金。误解英国友人，化名勒努，潜回法国加莱。《音乐辞典》出版。
1776年，完成《对话录》，想放在圣母院的祭坛上，未能成功。写《一个孤独的散步者的梦想》，未竟。在散步时被马车撞伤。
1777年，健康恶化，停止抄写乐谱。生计困难。
1778年，移居巴黎附近的埃尔默农维尔庄园。罗伯斯庇尔慕名来访。病逝于爱隆美尔镇，葬于爱隆美尔镇，1794年灵柩迁往巴黎先贤祠。
人物争议
卢梭生前遭人唾弃，死后却受人膜拜。卢梭被安葬于巴黎先贤祠（Le Panthéon）。1791年12月21日，国民公会投票通过决议，给大革命的象征卢梭树立雕像，以金字题词——“自由的奠基人”。
后世影响
卢梭的学说对后世影响极大。在政治上，他的反封建、反专制的精神影响了资产阶级自由民主传统，他的文学创作也具有鲜明的民主主义倾向，同样深深地影响了以后的许多作家。
卢梭反归自然、崇尚自我、张扬情感的思想，直接导致了19世纪欧洲浪漫主义文学。许多诗人作家都受到他的影响，就连歌德、雨果、乔治·桑、托尔斯泰都无一例外地声称是卢梭的门徒。
