窦融接刘秀书，复遣刘钧上书，陈述投顺之意。同时遣弟窦友赴洛阳面陈心迹。窦友行至高平，适值隗嚣叛汉，道路隔绝，驰还河西。窦融遣席封携书间道东行通书。刘秀又赐窦融兄弟书，加以抚慰。
窦融既投顺于汉，乃致书隗嚣，批评他出尔反尔，不识世务，不顾民生，要他深思逆顺之道。隗嚣不理睬。窦融乃与五郡太守共作战备，上书请战。
刘秀对窦融的态度和表现颇为赞赏，并与其拉上外戚关系，说窦融乃文帝窦后家后裔，自己是窦后所生景帝之子定王之后；还说汉兵即将西进，希望窦融“以应期会”。窦融得到诏令，随即与诸郡守率兵入驻金城，进击投顺隗嚣的先零羌封何之众，大破之。只因汉兵未进，窦融乃引还。这时，梁统也与隗嚣断绝关系。
建武七年（31年）秋，隗嚣攻安定。刘秀将兵亲自西征，令窦融等定期相会。因遇大雨，道路阻绝，加之隗嚣已经退兵，乃止军。窦融已至姑臧，得到诏令而罢归。窦融恐刘秀久不出兵，上书向刘秀建议抓紧时机，东西夹击隗嚣，若旷日持久，则易生变故。
刘秀接受窦融的请求，建武八年（32年）夏，发兵征隗嚣。窦融率五郡太守及羌、小月氏等，步骑数万，辎重五千余辆，与刘秀会于高乎（县）第一（城名）。刘秀举行盛大宴会，待窦融以殊礼。任其弟窦友为奉车都尉，从弟窦士为太中大夫。双方遂一同进军，隗嚣之兵“大溃”，城邑“皆降”。刘秀因功封窦融为安丰侯，食安丰、阳泉、寥、安风四县。封其弟窦友为显亲侯。诸将也得到封赏。封赏完毕，刘秀率众东归，窦融等西还故地。
放远权宠
窦融兄弟并受侯爵，久专西方，惧不自安。他多次上书，请求辞职，刘秀下诏挽留。建武十二年（36年），陇、蜀已经平定，窦融受诏与五郡太守奏事京师，跟随的车队有一千多辆，马、牛、羊遍野。窦融到了洛阳，送上凉州牧、张掖属国都尉、安丰侯印绶。刘秀还其安丰侯印绶，以诸侯位引见，“赏赐恩宠，倾动京师”。
建武十三年（37年）四月，刘秀任命窦融为冀州牧。十余日后，窦融升任大司空，位列三公。
窦融自知不是刘秀的旧臣，故小心谨慎，多次辞让爵位，刘秀表示留用。窦融不敢再提请求。
建武二十年（44年）四月，大司徒戴涉因所荐举的人盗金而被下狱，刘秀因三公牵连，才策免窦融大司空之职。
建武二十一年（45年），窦融加位特进。
建武二十三年（47年），窦融接替阴兴行卫尉事，特进如故，又兼领将作大匠。其弟窦友为城门校尉，兄弟并典禁兵。窦融再次请求辞职回乡，刘秀经常赏赐钱帛，太官也时常送来珍奇膳食。窦友死后，刘秀怜悯窦融年老气衰，派中常侍、中谒者到窦融卧室勉强劝他进酒食。到了这时，窦氏一门贵显，有“一公、两侯、三公主、四二千石，相与并时。自祖及孙，官府邸第相望京邑，奴婢以千数，于亲戚、功臣中莫与为比。”
凄凉晚景
永平二年（59年），窦融从兄子窦林因罪下狱死。汉明帝刘庄多次下诏责让窦融，并以西汉窦婴、田蚡的先例告诫他。窦融惶恐，再次乞骸骨，刘庄命他在家中养病。一年多以后，窦融上卫尉印绶，刘庄赐养牛、上樽酒。
窦融任职十余年，因其年老，子孙放纵胡为，多有不法。后来，他的长子窦穆，依仗权势，胡作非为，矫阴太后诏，令六安侯刘盱去妇，娶其女为妻。
永平三年（60年），刘庄思念中兴功臣，乃图画二十八将于南宫云台（云台二十八将），并加上窦融与王常、李通、卓茂，共三十二人。
永平五年（62年），刘盱被弃妻家上书告发此事。刘庄大怒，窦穆等免官，家属受株连而归故郡，只留窦融于京师。不久，诏诸窦悉还京师，适逢窦融逝世，终年七十八岁。刘庄下诏赐谥号“戴”，赠送许多钱财，以帮助办理丧事。
永平十四年（71年），刘庄封窦勋弟窦嘉为安丰侯，食邑二千户，继奉窦融后嗣。
