应对有方
当时适逢契丹倡和，西夏与宋朝誓约驻守故地，两地边境的军队被解除不用，真宗以无事治理天下。王旦认为祖宗的法制都在，务必实行原有的成例，谨慎地有所改变。真宗更加信任他，言无不听，凡是大臣有所请求，必定说：“王旦认为怎么样？”王旦与人交往很少言笑，终日默坐，等到奏议朝政，群臣意见不一，王旦缓缓地说一句话来决定。回到家里有时不脱下帽子腰带，进入静室独坐，家人没人敢见他。王旦的弟弟因而以此事问赵安仁，赵安仁说：“刚刚议论国事，王公不打算实行而没有决定，这必定是忧虑朝廷了。”
契丹奏请每年另外给予钱币。王旦说：“东去封禅的日子很近，陛下将要出行，契丹以此来探听朝廷的意思而已。”真宗说：“应该怎样回答？”王旦说：“只要用微小之物而轻视他。”于是用岁给契丹的三十万物资内各借三万给契丹，并晓谕在第二年岁给额内扣除。契丹得到谕旨，大为惭愧。次年，又下令有关官员：“契丹所借金币六万，事属微末，现仍然依照常数给予他，后不为例。”
当时，西夏李德明说百姓饥荒，求取粮食一百万斛。大臣们都说：“李德明刚刚缔结盟约而敢于违背，请用诏书责斥他。”真宗因而询问王旦，王旦请求敕令官吏备办粟米一百万斛于京师，而令李德明来领取。李德明得到诏书，惭愧下又拜谢说：“朝廷有人才。”
大中祥符九年（1016年），呈上两朝国史120卷，真宗加拜王旦为司徒、南郊恭谢大礼使。是年，王旦因多病请求辞职，真宗不允，特许其五日一上朝，遇大事可随时入朝参议。
王旦为相时，宾客满堂，没人敢因私请托。王旦考察可与言以及素来知名的人，几个月后，召来与他谈话，询问访求四方利弊，或者让他陈述其言进献。观察有才能者的长处，秘密登记他的名字，其人再来，不接见。每有差遣除授，首先秘密疏陈三四人姓名以请求，所录用的人真宗用笔标记。同事不知道此事，争论有所任用，惟独王旦所用，奏入没有不行的。
丁谓因此几次毁谤王旦，真宗更加厚爱他。已故参政李穆的儿子李行简，以将作监丞的身份在家居住，有德行，升太子中允。朝廷使者不知道他的住所，真宗命使者到中书省问王旦，人们才知道李行简是王旦所推荐的。凡是王旦所荐举的，都是人们从不知道的。王旦死后，史官修撰《真宗实录》，得到内廷出示的奏章，才知道朝廷士人多是王旦所推荐。
石普知许州时，违反法令，朝廷舆论打算就此弹劾。王旦说：“石普是武人，不清楚典章法令，恐怕他依恃薄有微功，妄自惹起事端。必须从重执行，臣请召他回来设立狱案。”于是传送御史审查，一天而狱案备办。议论此事的人认为不屈国法而保全武臣，这是真正的国体。薛奎任江、淮发运使，向王旦辞别，王旦没有其他话，只是说：“东南民力困乏了。”
薛奎退而说：“这真是宰相的言论。”张士逊任江西转运使，向王旦辞别求教，王旦说：“朝廷专卖利益最大了。”张士逊轮流改任发运使这个职位，想到王旦的话，从没有求取利益，认识他的人说：“这个转运使识大体。”张咏知成都，朝廷召他回来，以任中正代替他，谏官认为不妥。
真宗为此询问王旦的意见，王旦回答说：“非任中正不能守张咏的规制。其他人前往，妄有变更了。”李迪、贾边在当时享有声名，考进士，李迪以赋落韵，贾边以《当仁不让于师论》把“师”字理解为“众”字，与注疏不同，都落榜。主考官奏请收试，王旦说：“李迪虽然没有思考，但是出于粗心大意，他的过失可以忽略不计。贾边特地立异说，将会令年轻人务为穿凿附会，一开始不能助长。”考官于是录用李迪而贬退贾边。
屡请逊位
王旦为真宗信任而掌权共十八年，为宰相十二年。有人毁谤他，他往往反省自己不加争辩；至于他人有过失，即使是真宗盛怒，可以争辩的就争辩，必得而后已。王旦素来体弱多病，又担忧认为自己名望地位太高，从东鲁回复君命后，连年请求解除职务，真宗优诏褒奖，既而当面晓谕，委任他没有疑忌。
天禧元年（1017年）正月，王旦任充州太极观奉上宝册使，加太保。四月，王旦在到达兖州返回后，上奏请求减免遭受蝗旱的曹、济、徐、郓州、广济、淮阳军的夏税，真宗下诏同意。
同年五月，王旦再次因病请辞，真宗改加他为太尉兼侍中，五天一次前往起居院，到中书省，遇到军国大事，不限时前往参决。王旦上疏恳辞，又委托向敏中等奏请报告。真宗才下诏停止增加封邑一事，其余礼遇如旧。七月，王旦独自一人在滋福殿应对，真宗说：“朕正要以大事委托您，但您的病这样严重。”因而命皇太子赵祯出来拜见，王旦惶恐逃避，皇太子随从他而跪拜。
王旦说：“太子盛德，一定能承担陛下的事业。”因而推荐可以有所作为的大臣十多人，他推荐的人中其后没有位至宰相的只有李及、凌策二人，单二人也成为名臣。王旦又请求辞去职位，真宗看到他年老体弱，便怜惜地答应了他的请求。同月，命他以太尉的身份掌领玉清昭应宫使，给予宰相一半的俸禄。
开始，王旦以宰相的身份兼任使臣，等到罢相后，他还是掌领使臣职务，专门设立使臣这个规定从王旦开始。不久，真宗又命王旦乘轿入禁宫中，让他的儿子王雍与直省官吏扶持，在延和殿面见真宗。真宗说：“您现在病很重，万一有个三长两短，让朕把天下事交付给谁呢？”王旦说：“知臣莫若君，惟贤明的君主选择。”真宗再三询问，王旦都没有回答。
当时张咏、马亮都为尚书，真宗一一向王旦询问这二人，王旦也不回答。真宗因而说：“试用您的意思说说。”王旦勉强起身举着朝笏说：“以臣的愚见，不如用寇准。”真宗说：“寇准性情刚直狭隘，您再思考下一个。”王旦说：“其他人，是臣所不知道的。臣为疾病所困扰，不能侍奉陛下很久。”于是辞别退下。王旦去世后一年多，真宗终于任用寇准为相。
