1936年《四部备要》本即据此本影印。光绪三十一年（1905）杭州群学社石印《黄黎洲遗书》本，只收入二老阁本《师说》、《叙传》、《叙论》，共八卷，其它不录。1985年中华书局出版沈芝盈点校本，以光绪八年冯全垓重印二老阁本为底本，校以紫筠斋本及《四部备要》本，据紫筠斋本及莫晋刻本增补部分内容。《河东学案》增人杨应诏叙传、《姚江学案》增人许半生、王司舆叙传、《浙中王门学案》增人胡瀚叙传、《南中王门学案》增人薛甲叙传、《甘泉学案》增人王道叙传。
《明儒学案》的编写不仅流派分明，而且能抓住各人的主要思想，每派立一学案，先以小序为概括的说明，其下分列各学者，依次叙述传略，摘录其重要著作或语录等，以具体的材料表明各学者的思想见解，间有作者自己的意见。特别是每个人的小传，虽然长短不一，却都能表达出人物的个性、特长以及一生的功过。他在凡例中说：“此编以有所授受者分为各案，其特起者后之学不甚著名，统列诸儒之案。”
又说：“是编皆从全集纂要钩玄，未尝袭前人之旧本也。”这是提出了分立学案的明确原则，又指出所摘录者都是取自原书，未有转录于他书者，是为本书的一个特点。凡例还说：“学问之道，以各人自用得着为真，凡倚门傍户，依样葫芦者，非流俗之士则经生之业也。此编所列，有一偏之见，有相反之论，学者于其不同处正宜着眼理会，所谓一本而万殊也。以水济水，岂是学问！”这段话是撰者判断各人思想的标准。他认为随声附和、人云亦云者，无足轻重。每个人的思想都应有其独到的地方。只有从不同的角度来观察事物，才能有更全面更正确的认识。
