康熙二年至康熙十八年（1663至1679年），黄宗羲于慈溪、绍兴、宁波、海宁等地设馆讲学，撰成《明夷待访录》《明儒学案》等。
拒不仕清
康熙十七年（1678年），诏征“博学鸿儒”，学生代为力辞。康熙十九年（1680年），康熙帝命地方官“以礼敦请”赴京修《明史》，黄宗羲以年老多病坚辞。康熙帝令地方官抄录其所著明史论著、史料送交史馆，总裁又延请其子黄百家及弟子万斯同参与修史。万斯同入京后，也执意“以布衣参史局，不署衔、不受俸”。是年黄宗羲始停止讲学，悉力著述。康熙二十二年（1683年），参与修纂《浙江通志》。
康熙二十五年（1686年），王掞视学浙江，倡议在黄宗羲故居黄竹浦重建忠端公（黄尊素）祠，宗羲写了《重建先忠端公祠堂记》。次年，王掞又捐俸汇刻刘宗周文集，宗羲与同门友董玚、姜希辙一起编辑了《刘子全书》，并为之作序。
康熙二十七年（1688年），黄宗羲将旧刻《南雷文案》等文集删削修改，定名《南雷文定》重行刊刻。这年，他自筑生圹于龙虎山黄尊素墓侧，并有《筑墓杂言》诗。
康熙二十九年（1690年），康熙帝又召其进京充顾问，徐乾学以“老病恐不能就道”代辞。黄宗羲年已八十，曾至杭州、苏州等地寻访旧迹，拜访朋友。次年，应新安县令靳治荆之邀游览黄山，为汪栗亭《黄山续志》作序。
康熙三十一年（1692年），黄宗羲病势沉重，闻知贾润刊刻其《明儒学案》将成，遂抱病作序，由黄百家手录。次年，《明文海》编成，宗羲又选其精粹编为《明文授读》。
与世长辞
康熙三十四年七月三日（1695年8月12日），黄宗羲久病不起、与世长辞。他在病中曾作《梨洲末命》和《葬制或问》，嘱家人丧事从简：死后次日，“用棕棚抬至圹中，一被一褥不得增益”，遗体“安放石床，不用棺椁，不作佛事，不做七七，凡鼓吹、巫觋、铭旌、纸幡、纸钱一概不用”。
黄宗羲在临终前四天给孙女婿万承勋的信中写道：“年纪到此可死；自反平生虽无善状，亦无恶状，可死；于先人未了，亦稍稍无歉，可死；一生著述未必尽传，自料亦不下古之名家，可死。如此四可死，死真无苦矣。”
