卷六《章贡失事》
记隆武二年万六吉，构适麟、郭维泠等人在江西抗击清兵，以身殉难的事迹。黄宗羲认为这三人“皆永平贤者，扶危定倾殆非其所长也”。
卷七《舟山失事》
记黄斌卿盘踞舟山抗清，松江清帅吴兆胜起义失败，陈子龙等人殉难，鲁王飘泊海上诸事。
卷八《日本乞师》
记周崔芝、冯京等两次结日本乞师求援之事。据全祖望所撰黄宗羲神道碑文，黄宗羲曾随冯京等去日本，此卷未曾提及。
卷九《四明山寨》
记鲁监国之年，浙江兵败，黄宗羲率五百余人入四明山，结寨固守，导访鲁王消息。因部下与山民冲突，山民焚寨，四明义军星散。鲁监国二年，王翊、王江复聚兵四明山，坚持斗争至六年，终于兵败殉难。
卷十《沙氏乱滇》
记隆武之年，云南阿迷土司沙定洲哗变，占据省城，追杀黔国公沐天波。刘文秀、李定国相继攻之。尽灭沙氏。
卷十一《赐姓始末》
记郑成功在东南沿海抗清，后收复台湾，建立政权的经过。隆武元年，郑成功入朝，赐朱姓，故题为“赐姓始末”。郑成功经营台湾，自为立国之计，当时曾遭非难，黄宗羲为之辨护说：“郑氏以一旅存故国衣冠于海岛，称其正朝，在昔有之。”
卷十二《江右纪变》
记金声桓、傅鼎铨、万元吉三人在江西抗清殉难之事。
