《四库全书总目》亦谓其“每一事必详其始末，参以证佐，而后笔之于书，故引据浩繁，而牴牾者少。”顾氏发明的这些治学方法，包括重纂辑、明流变、善归纳、求证佐、躬实察等等，后来皆成为乾嘉学者治学的法门。如钱大昕仿顾氏《日知录》之体例，作《十驾斋养新录》二十卷，于小学、经学、史学、典制、职官、氏族、金石、舆地、天文、历算、辞章之学，皆造其微。阮元称其书“皆精确中正之论，即琐言剩义，非贯通原本者不能，譬之折杖一枝，非邓林之大不能有也。”
钱氏又撰《廿二史考异》一百卷，运用顾氏之历史考据方法，辨正古史，考证史事，祛疑指瑕，拾遗规过，考史之功，最享时誉。王鸣盛作《十七史商榷》一百卷，对十七部正史改讹补脱，去衍勘误，考事迹之虚实，辨纪传之异同，诠解蒙滞，审核舛驳，最为精审。王氏晚年又将考证所得，编为《蛾术编》一百卷，其书辨博详明，学风亦直承顾氏。
赵翼撰《廿二史札记》三十六卷，评判史书体例，正读文字讹误，补缺订伪史事，比类综合史料，其持论皆能斟酌时势，考据尤为精赅通贯。他曾自云“或以比顾亭林《日知录》，谓其身虽不仕，而其言有可用者，则吾岂敢。”此虽赵氏谦逊之言，然其治学实以顾氏为宗。他又撰《陔余丛考》四十三卷，于经义、史学、掌故、艺文、纪年、官制、科举、风俗、丧礼、器物、术数、神佛、称谓之属，皆详加探究，颇能综贯异说，考竟源流。
