3、程朱理学才是真儒。姚鼐认为，在治学方面，程朱诠释古典文献的方法“更为曲当”。他在《复蒋松如书》中，宋儒在解释古籍时，揆情度理，从辞章、义理角度诠释本文，或辨识古籍真伪，而不胶着于音训而失本真。此方法与汉儒的考据手段绝殊，是汉学家嫌弃其凿空的所在，却得到姚鼐的肯定；在大道上，程朱理学可以经邦济世，乃靠一批受其陶铸而持身谨严、明大义、有操守的儒生来实现。在《皇明两朝疏钞》中，他把明代国祚的苟延归之于一群讲论、践履宋学的儒生持纲纪、守节义。正是看到了程朱派儒生在承平和临难时的勇于担当，姚鼐才忧虑：“道学一旦废，乾坤其毁焉。”
总之，在姚鼐眼里，圣人之学有大小精粗之别。宋学深契圣人之旨，有关身心、家国，得圣人为学之大，之精；汉学仅关名物、制度、训诂、书数，得圣人为学之小，之粗。尽管宋儒在小和粗的方面无法与汉儒并驾，汉儒在大和精的方面也难以与宋儒齐驱。因此，宋儒才是孔孟真传，汉儒不过小道可观而已。姚鼐把汉学、宋学分别比作星月与白日，轻重分明。基于以上认识，姚鼐主张治学以程朱为归；主张以汉学补苴宋学的罅漏，而不能从根本上动摇之。
姚鼐虽势单力薄，但俨然成为当时宋学的代表。这种极力卫道的学术思想被桐城派后人所基本治袭下来。但他对程朱的捍卫不同于前辈，不多用力于理学的理气、性命等哲学命题上，而把主要精力更多的放在了对程朱所倡导的道德原则的坚持上，如忠孝节义等，这主要与姚鼎生活的时代正由康乾盛世走向嘉道衰颓期密切相关。所以他的弟子在嘉道时期内忧外患的形势下，极力宣传理学所倡导的封建伦理道德，抨击考据无益于世时也不忘强化伦理道德，并且力图以经世致用来重振理学。但姚鼐宣扬忠孝节义等封建道德，歌颂清王朝为“圣朝”，也具有封建性和落后性的一面。
姚鼐思想的民主性和进步性表现在六个方面：宣扬做“亲民之吏”，有甘为“活民而得罪”的献身精神；赞扬“尽去苛征，商民喜之”，歌颂商人“明智绝人”；鼓吹“惟贤者为尊，其于男女一也”的平等思想；赞赏“绝意仕宦”，提倡“士自从所好”、“自行其志”的人格独立和个性自由；主张“与时俱进”、“与年日新”、“与世转移”，不断图变求新。
