顺治帝经常请“玛法”到宫中叙谈。无须太监们的传唤，也免除谨见时的叩跪之礼。
顺治帝还打破尊卑上下的惯例，到汤若望所居住的馆舍去看望。仅1656年到1657年两年间，皇帝亲临汤若望住民叙谈求教，就有24次之多。
在朝廷的政治活动中，汤若望也以其德高之势、在关键时刻几次劝谏顺治帝。甚至在立嗣问题上也起到了一定作用。
1652年即顺治九年，被人敬为活佛的西藏达赖喇嘛带领3000喇嘛和大批蒙古族护卫，来北京觐见大清皇帝。顺治非常高兴，决定亲自前往边地迎候法驾，遭到许多大臣的反对，但是顺治根本听不进去，一意孤行，庄太后只好把德高望重的汤若望请出来劝驾。
汤若望不仅呈上精心撰写的谏书，而且上朝跪拜面奏皇帝，请他要保持必要的尊严，不要远离京师，以免发生意外事故。顺治最终听取汤若望的意见，派一位大臣前去迎接达赖喇嘛进京。
达赖喇嘛想请顺治成为喇嘛弟子，汤若望想到澳门宗教界要他发展顺治加人天主教的指示，就极力反对顺治接近喇嘛教，认为皇帝与喇嘛应该各行其是，各尽其责。顺治接受汤若望的建议，给达赖喇嘛以隆重接待，并答应册封达赖喇嘛为“西天大善自在佛”，但却使达赖喇嘛的主要心愿落空。
不久，荷兰大公派遣使节团来华进贡，顺治大喜，命以汤若望为主接待荷兰使节团。荷兰使节团直率地提出了与中国订立通商条约、在澳门获得居留权、允许荷兰加尔文派耶稣会来中国传教等要求，汤若望考虑到加尔文耶稣会与他所属一派有矛盾，就劝说顺治拒绝荷兰人在中国传教，不允许荷兰人获得澳门居留权，使葡萄牙、荷兰、南明王朝三种力量在澳门相互牵制，对大清朝最为有利。
顺治对汤若望如此忠于大清朝大加赞扬，询问如何对待荷兰使节团。汤若望提出“既顾念私交，又无碍大局”的解决方案，允许荷兰人，“八年进贡一次，可附带小宗贸易”。
汤若望以圆滑的手腕，取得了清朝皇帝、荷兰使节团、澳门当局三方面都对他极其满意的结果。
1659年5月，郑成功率十几万水陆大军大举北伐，兵临南京城下，顺治帝被这突如其来的局面吓得惊恐万状，他不知所措竟想放弃北京，逃回关外的老家去。受到庄太后的训斥后，又从一个极端跳到另一个极端，传下圣旨要御驾亲征，谁也无法劝阻。
宫廷上下都束手无策，大臣们纷纷跪下劝阻，顺治根本不听，亲自用宝剑劈断御座，宣称谁敢阻止他他就劈死谁。大臣们万般无奈，最后只好搬出德高望重的汤若望出面劝驾。
汤若望与其他传教士紧急协商对策，一致认为顺治一旦带走御林军，会带来京师畿辅重地的混乱，中原多难对西方传教事业不利，为了耶稣会的传教事业，汤若望应该冒险出马，去劝说顺治改变主意。
汤若望精心撰写能够打动顺治此刻心弦的奏章，选择适当的时机跪劝顺治，说他以十数年的老臣忠诚之心，恳求皇上罢亲征之议，不要使国家再濒临被破坏的边沿。
汤若望的冒死直谏可谓恰逢其时，顺治心如明镜，早有回心转意之心，但是找不到台阶下，这时认为汤若望博古通今，见解精到，分析透彻，看到汤若望感情激荡，老泪纵横，也深受感动，便适时转弯，就把这个面子给了汤若望。
24岁的顺治不久得天花病重不起，但是还没有确定皇太子，在他生命的最后一刻，特意让庄太后召见汤若望，就这个事关国家前途的重大问题征求汤若望的意见。
顺治提出由他的一个堂兄继承皇位，汤若望认为子承父位、父子相承，这是中国与西方国家的通常做法，应该立皇子登极，而三皇子玄烨出过天花，又聪明过人，勤于学习，最为合适。汤若望的意见与庄太后的意见一致，玄烨便被扶上皇位，他就是有名的康熙皇帝。
