福全当时分析了形势，认为各路大军还没会合，据险逞凶的厄鲁特部已被击溃，先争得时间让自己的士兵养精蓄锐，等盛京大军来会师时再与噶尔丹决战，全歼残敌。康熙帝对福全的战略部署很不满意，批评他坐失战机；噶尔丹派人游说的用意是缓兵再战之计。福全经康熙帝的指点，认识了问题的严重性，立即派侍卫吴丹等人与济隆一道去追赶噶尔丹，当面辩理，噶尔丹理屈词穷，只好跪在威灵佛前叩头发誓，低头认输，还派了使臣拿着奏章和保证书前来请罪；表示愿意撤出边境，听从发落。康熙帝虽然应允了噶尔丹所请，仍告诫福全要加强防备，噶尔丹是个十分狡猾的人。
十月初，福全所派侍郎等人传信给噶尔丹，逾月未归，他估计噶尔丹早已出边逃循，且当时军中粮草不足，只能维持几天，鉴于此，便自作主张，下令回师。部队归至康熙帝军中，康熙帝对福全不请示就自行撤回十分不满，决定先回京再议罪。康熙帝先行回京，福全等留后。福全又将侦察噶尔丹行踪的情报送交康熙帝过目，叛敌确实出边，也-一认了罪。康熙帝当即命福全还师京城。十一月福全至京，队伍止于朝阳门外。康熙帝指责福全不遵从命令，自行其事，还让皇长子胤禔出面作证。福全没有争辩，他流着泪说："我复何言！"全部领了罪。王大臣等共议福全的错误，应夺去爵位，康熙帝考虑到福全击败厄鲁特的功绩，没有夺去他的爵位，改以罚俸三年，撤三佐领，还取消了议政权。
噶尔丹败逃后，派人到莫斯科向沙皇提议缔结同盟。但沙俄当时无力出兵参战，只是派人到噶尔丹那里进行阴谋活动。康熙三十三年（1694年），噶尔丹再次要求清朝把当年被他打败后投奔清朝的土谢涂汗等人送交给他处置，并煽动内蒙古诸部背叛清朝；第二年又率兵侵入巴颜乌兰大肆抢掠。康熙三十五年，康熙帝又挂帅亲征，福全亦随上迎敌，也一次彻底击败了噶尔丹。第二年，康熙帝第三次亲征到宁夏，追歼残敌，噶尔丹在众叛亲离、走投无路的情况下服毒自杀，时年五十四岁；部下将他的尸首送交清军，投降清朝。
康熙四十二年福全生病，康熙帝亲临其府内看视。后来康熙帝出巡塞外，得知福全病重，特命随行诸皇子策骑还京看视。六月二十四日福全病故，终年五十岁。康熙帝赶回京都，亲自祭奠；出殡时又亲往福全王府，恸哭不止。命御史罗占在黄花山为福全监造坟莹、建碑，规定除常年祭祀外，另有加祭。
福全自幼与康熙帝共同孝敬祖母孝庄文皇后，每次陪同祖母出游时，这兄弟二人总是前引后扈，祖母病重时他俩又精心护理，直至孝庄文皇后奉安，弟兄之间结下了深厚的情谊。福全死后，康熙帝特命画工精绘一张像，为康熙帝与福全并坐于桐荫之下，示手足同老之意。康熙帝以此来寄以衷肠，表示了对福全的思念之情。
