794年（贞元十年），南诏攻破土蕃神川都督府之地（今丽江地区）和昆明城（今盐源），磨西族的分布区域从藏族统辖转而纳入南诏的统辖范围之内。南诏于铁桥（今丽江塔城）设铁桥节度、于昆明城置香城郡，对磨西族的各部落进行统治。大理国时期，丽江地区由善巨郡（今丽江永胜）管辖。
宋代时期
宋代，纳西族地区属大理国管辖，纳西族土酋各占一方发展势力，大理国不能有效控制纳西族地区，北边吐蕃则长期内乱频繁，无力南下。纳西族地区处于相对安定的局面，人口、经济和文化都得以发展。史载当时的纳西土酋牟保阿琮（麦宗）创制“本方文字”（有学者认为可能是象形文字，或者是音节文字“哥巴文”）。
元朝时期
1253年（宝佑元年），蒙古军在忽必烈的率领下兵分三路南征大理国，经木里到永宁日月和。忽必烈进入纳西族地区后，对当地部落首领先后授以“茶罕章管民官”、“茶罕章宣慰司”等官职，是土司土官制度的雏形。
1274年（元至元十一年），元政权设置“丽江路军民总管府”，“丽江”之名从此始。
1285年（至元二十二年），改置“丽江军民宣抚司[3]”，宣抚司皆由麦良子孙承袭，统一了“酋寨星列”的纳西地区各部落，正式纳入了云南行省的行政区辖。
从1253年忽必烈灭大理国到清朝雍正元年（1723年）实施“改土归流”的470年间，元、明、清朝直接在纳西族地区推行中央王朝管辖下的世袭土司制度。
明朝时期
明太祖洪武年间，明大军进军云南后，纳西首领阿得“率众首先归附”。洪武十六年（公元1383年），明朝中央授么些贵族代表木得为丽江府土知府，世袭。
丽江木氏土司采取较为开明的政策，积极地引进中原汉族地区的生产技术和文化教育，广揽人才，将一些医生、教师、画师、佛、道教人士和开矿、冶炼、建筑、铜业、银业等方面的技术人才引进纳西族地区。
木氏土司有较强的军事力量，为明王朝征战效力，得到皇帝亲赐的“辑宁边境”、“诚心报国”、“西北藩篱”等嘉号。
天顺六年（1462年），木氏向北扩张势力，开始向藏区用兵，至明末，其势力范围达木里、巴塘、理塘、康定及西藏昌都以南地区。木氏并迁移大批纳西人民到上述地区戎守，此后这些纳西人大都融合于藏族中。
清朝时期
1723年（雍正元年），丽江实行“改土归流”，朝廷委派流官任知府，降木氏土知府为通判。“改土归流”后，免除了土司的各种苛派，废除庄奴500多户，2000多人，建立了封建地主经济。
清廷以当时满汉的生活方式和儒家文化的伦理道德观衡量纳西族的社会生活和风土民情，强制性地在纳西族地区实行移风易俗，如废火葬，改革服装，强化封建家长制、包办婚姻制等，导致纳西族地区发生了重大的社会矛盾和文化变迁，加剧了传统文化的衰落。
1856年（咸丰六年），杜文秀在蒙化（今巍山）发动回民起义，攻占大理。时驻大理守城营都司的丽江白沙人和鉴（武举人）被杀。鹤丽镇部下千总张正泰借机挑拨回族与纳西族之间的矛盾，并残酷屠杀金山、文智、拉市一带无辜回民700余人，在鹤庆、丽江、剑川、中甸、淮西一带往来打杀。
1859年（咸丰九年），张正泰在鹤庆死于内讧。
1860年（咸丰十年），杜文秀军攻占鹤、剑、丽、永等地。时驻淮西澜沧江边防守备的和耀曾（和鉴之子），与淮西叶枝王护兵头目杨玉科杀死和的上司淮西协镇守头领（回族人），广募乡勇，投靠清政府同回民起义军作拉锯式的战争。丽江古城几易其主，成为一片废墟，邻近乡村满目疮夷。
1872年（同治十一年），回民起义失败。据《丽江府志》记载：“丽邑子弟毁于王事者统计六千数百人，百姓死者十之二三。”这是丽江历史上的“乱世十八年”。
