纳西族是个信仰多种宗教的民族，既信仰本民族的本土宗教——东巴教，也信仰藏传佛教、汉传佛教和道教信众最多的是东巴教。
东巴教对纳西族的社会生活、民族精神、文化习俗有重大影响，是纳西族多元宗教信仰中的主干，是在纳西族处于氏族和部落联盟时期的原始信仰基础上发展起来的，其后，在各个不同的历史时期逐渐吸收了藏族的本教、藏传佛教等的一些内容，形成了一种独具特色的民族宗教形态。
它有自己的仪式系统，庞大的鬼神体系，与各种仪式相配套的经典。泛灵信仰，大自然崇拜，祖先崇拜，重卜，以及“大自然和人是兄弟”这一基本理念，是东巴教的主要特征。
藏传佛教是从元末开始，由西藏经川西传入纳西族地区的。
清初以后，藏传佛教在丽江、维西纳西族地区得到较快的发展。在清代初年之后。从康熙到道光年间的180多年中，先后建起了有相当宗教势力和经济实力的噶玛噶举派（白教）十三大寺。
在清代，汉传佛教在丽江地区也得到进一步的发展，增建了60多个大小寺庙，分布在城乡各地。
道教在明代传到丽江，木氏土司从内地请来道士到丽江传播道教。清雍正元年（1723）丽江“改土归流”后，道教在丽江得到进一步的发展。
东巴教属于一种原始多神教，一般认为是纳西族先民由自然崇拜发展到祖先崇拜、神灵崇拜这一系列自发信仰的产物。“东巴”一词纳西语的意思为“智者”或“山乡诵经者”，即对东巴教经师或祭司的专称。
从东巴教的经典及其活动内容等方面看，它基本上是在原始巫教的基础上形成和发展起来的，因而保留有较浓厚的原始宗教信仰的残余。东巴教所宣扬的核心观念便是万物有灵和灵魂不灭，即认为山、水、日、月、风、雨、雷、电、木、石等自然现象和自然物，均有不朽的神灵，既可赐福，又可降祸。
因此，就有了祭祀众多神灵的频繁仪式活动，以希冀祈福免灾。东巴教没有较为系统的教义，没有统一的组织，也没有自己的寺庙。当东巴的多是家中清贫的农民，平时不脱离生产劳动，仅在有人邀请时才外出作法仪，没有什么特权。
东巴之间的关系是平等的，只有经典的熟悉程度和作法仪的能力高低的区别。东巴的传承途径主要有两条：一条是上辈亲属中有人当东巴，后辈男性便可自幼在其口传心授的教育下，加上耳濡目染而渐修习成东巴；另一条途径便是前去拜谒有名望的大东巴为师，从为其当助手开始见习，随师父学习诵经并出席各类仪式，逐渐学成而后自立门户。
云南省中甸县白地村一带被纳西人公认为是东巴教的发源地，著名大东巴久干吉曾于民国年间在此收徒传艺，据说最盛时学徒人数曾达20余人。
