雍仲新本：是雍仲本教后期和印度佛教（主要是和宁玛派）互相影响和交融而形成的新派传统，新本的塑像风格和修行方法融入了一些印度佛教的元素。
现存本教主要的家族传承或寺系传承如：辛、智、西、美乌、巴、琼等，有的虽然也融合了一些新本教法，但他们着重传承的还是纯净的古本教法。当然，也有一些本教寺院是把新本和古本混在一起修持的。
辛饶弥沃如来创立的雍仲本教与原始的本教的区别还在于：当辛饶弥沃从象雄来蕃地传教时，他已经有系统的理论和相应的教规，而这时原始本教还不是一个成熟的宗教。辛饶弥沃根据当时人们的心理特点，并没有直接废除原始本教，而是善巧地吸收原始本教并对其进行大量改革。
比如原始本教中包括藏医、天文、历算、地理、占卦、超度、梦兆、招财、招福、石碑铭文、雕刻以及沐浴等仪轨，直到现在仍然被藏地的一些村民以防止来自人和动物的疾病，或者用于带来日常生活中的利益。
以上世间法被雍仲本教列为“因四乘”，辛饶还融入了他自己创立的教法“果四乘”和“无上乘”共为“九乘次第”（下文有详细介绍）。
另外，原始本教中杀牲血祭等劣习遭到了辛饶弥沃佛的反对，他采用糌粑和酥油捏成各种彩线花盘的形式来代替原始本教中要杀生祭祀的动物并取得了成功：叫做“堆”（mdos）或“耶”（yas）。
这就朵玛（gtor ma）和酥油花（butter sculpture）的最初起源。朵玛和酥油花不仅被本教徒而且被其他藏传佛教其他教派广泛用来做供品并成为藏传佛教的一大特色。虽然杀生祭祀的劣习至今在藏区及其周边还存在，但这并非辛饶的教理所允许的。
因此，辛饶如来的改革不仅减少了当时藏地大量杀生祭祀的劣习，还对西藏后期的文化产生了深远和有益的影响。
原始本教是一种多神信仰，没有明确的教主；后来发展到辛饶弥沃佛创立的雍仲本教时期，本教变得系统化并有了一套明确的教规和理论：雍仲本教的大圆满教主是普贤王如来（藏音：衮德桑波,Kuntuzangpo），本教语教主是辛饶弥沃佛，意教主是古象雄的
本教高僧占巴南卡。本教中心寺院是位于印度境内的吉祥曼日寺（Tashi Menri Monastery）。曼日寺原址位于西藏日喀则地区南木林县境内，1959年，藏区政局动荡，时任曼日寺堪钦喜饶洛珠被迫将寺院的僧侣遣散，寺内文物包括良美大师的舍利塔等文物被埋藏起来，后经历了民主改革以及文化大革命，曼日寺寺院被毁坏。
1967年，隆多·丹贝尼玛（Lungtok Tenpai Nyima）和罗朋丹增南达（Tenzin Namdak）在印度北部喜马偕尔邦多吉（Dolanji）重建了吉祥曼日寺并在此住持。在各方的努力下，我国也於1984年在曼日寺的旧址上恢复重建了曼日寺，当年动乱中被埋藏的文物得以回归。
依照雍仲本教的传统，曼日寺的大堪布担任本教的最高精神领袖，现任曼日法王是第三十三任曼日寺堪钦隆多.丹贝尼玛活佛。
