他的同乡曾灿、邱维屏、李腾蛟等人也出资相助。顺治三年，清军进攻赣南，宁都局势陡然紧张起来，为避战乱，魏禧和几位友人举家隐居翠微峰。魏禧还派人在险要处置闸守望，并制订了严格的入山规约，如陌生人须由山寨人员陪同且不得带刀上山，黄昏后紧闭寨门等，使山寨更为安全，不受战乱兵灾的侵扰。
其后宁都数次遭受战乱，1650年清军攻下农民军占领的宁都县城后，竟屠城，而翠微峰得以独完。营建翠微峰一定程度上显示出魏禧作为军事谋略家远见卓识的军事才能，《赣州府志》评价其“最辨古今得失，指陈时事，廉利透闻，独出手眼”。
治学游历
明末大儒顾炎武曾说过：“独学无友，则孤陋而难成，久处一方，则习染而不自觉……若既不出户，又不读书，则是面墙之士，无济于天下”。“性慷慨，尚气节”的魏禧深知交友的重要，他与兄祥、弟礼互为师友，三兄弟以文章闻名海内，人称“宁都三魏”。他姐夫邱维屏学识渊博，尤其精通古文，无师自通西洋算术。
除此之外，他在隐居前就已结交了一批志趣相投人士，像“有儒者风，性诚厚爱人”的李腾蛟；“性情豪迈，性命肺腑之交”的同学曾灿；“重道义，有胆识”的彭任；政治阅历丰富，气宇非凡，“遇事感慨激昂”的南昌士人彭土望；“结交甚广，慨然有当世之志”的明宗室林时益（原名朱议滂，字确斋，明亡后更姓林），隐居翠微峰后他们经常围坐在一起读史，讨论《易经》，并把读书之地命名为“易堂”。人们称他们为“易堂九子”。
魏禧所交的契友，有以谢文存为首的程山七子，宋之盛为首的髻山七隐，陈恭尹为首的广东北田五子，还有方以智、屈大均、姜宸英、恽日初、顾祖禹、施闰章、汪琬等。
他交友的宗旨，一是在治学上能“相互切磋”，以便采他人之长，集思广益；二是在政治上还有隐蔽深远的意图，即多方结交那些“他日可为国家受大任，为生民匡大厄，足以济天下事”的朋友，一朝天下有变，时机到来，便可团结起来实施复国的大业。
魏禧把见到彭土望、林时益比作“发醯鸡之覆而见天，取眢井之蛙而投之江河也。”而且他希望借助于林时益明室后裔的影响力，以翠微峰为基地建立一个秘密的反清复明团体。
念念不忘复明的魏禧十分自然地将兵学作为其一生治学中不可或缺的内容，他留心军事之学，于康熙六年（1667）编成《兵谋》、《兵法》。魏禧在《兵谋》中将《左传》用兵谋略概括为32种，各用一个字命名；在《兵法》中将《左传》用兵之法归纳为22个字。
他在对每一种兵谋、兵法作简短的解释之后，例举《左传》中若干战例逐字加以说明，由于篇幅较短，没有分篇、章详细论述。魏禧军事著作中包含一些朴素的军事辩证法思想的用兵之道，与《孙子兵法》是一脉相承的。
他把研究兵法和复兴古文结合起来，主张写有用于世的经世文章，魏禧写出一批经济世务的政论性散文，如《制科策》、《限田策》、《奄宦策》对当时的科举、田亩、官宦制度提出了改良主张。
当时天下讲学，独易堂以古人实学为宗旨，提倡读书经世风气之振，由禧为之领袖。明末四公子之一方以智到翠微峰时感叹，“易堂真气，天下无两矣。”
清初变乱蜂起，清政府于顺治二年下了“剃发令”，男子不剃发者，“杀无赦”。这时魏禧等易堂九子只好隐居翠微峰自保，但时日一长，他们醒悟到僻居赣南，终不为人所知，“闭户自封”，难免会“封己自小”。
魏禧认为学问必须通过阅历和实践，深感足不出户，难以开拓视野增长见识，同时为了更广泛地结纳各地的抗清志士，考察江浙一带的地理形势，以谋求恢复明朝的根据地，进行深入隐蔽的反清斗争。
魏禧在三十九岁后先后四次到吴越等地交游考察。他每到一地必定访问名士，拜谒忠烈遗迹。与徐枋、金俊明、李天植、槁木等明遗民交结往来，颇得海内学者赏识，时称其“有古宰相才度”。魏禧的江淮吴越之游既是为了向社会生活学习、向他人学习，又是一种含有隐蔽反清意图的举动。
经过一番游历，魏禧慨叹天下人才萎靡鲁莽，溃散无成时指出“方今之士，志弱者以天下事为难为，而吾非其人；志强者易视天下之事，不自知其不足。”魏禧以布衣交天下贤士，他所处境遇是困难而复杂的。
康熙十七年（1677），严沆、余国柱、李宗孔等举荐魏禧上京应试为博学鸿儒，他坚辞不就，不肯仕清。由于清朝统治趋于巩固，民族矛盾已开始转化，阶级矛盾又在趋向缓和，全国反清形势转入低潮，因此他的活动没有取得实质性结果，魏禧于康熙二十一年十一月十七日病逝于江苏仪征游历途中，终年57岁。
