公元12世纪，宇妥萨玛·云丹贡布多次拜访国内外名医，学习他们的宝贵经验，尤其把宇妥宁玛·云丹贡布撰写的《四部医典》视为珍品，解答其中的奥秘，并以规范的文字修订增补。
《四部医典》原版种所缺的许多内容，由宇妥萨玛更具西藏地理环境将《月王药珍》种的许多内容融汇到《四部医典》种，在原有的200多种药材基础上增加了一百多种，并在“释续”（协居）中记述单味药物380种，同事编撰了《草药生态标本》《草本》等书籍。宇妥萨玛·云丹贡布为藏医药的继承和发展献了毕生精力。
1230年诞生了大圣邬坚巴从实践中检验药物性能与功效，并成功地发明了8种金属与非金属的煅制工艺及“水银洗炼法的奥秘”。从此，产生了藏医对重金属进行特殊加工的技术。之后，从贡追·云丹加措直到中原“门孜康”藏医星算学院第一人院长钦饶罗布等历代名医，在继承前任经验的基础上不断进行了改进，成为现今的专利技术。
1248年出生的著名学者、藏药学家噶玛·壤琼多吉撰写的《药名荟萃》，详细论述了930多种药物的性味功效，并从10种宝石类药物开始阐述树类药、草药、动物药的分类及功能。这部著作在当时是一部最全面的本草学著作，人们也把他当做一种标准的藏药本草学而广加运用。
14世纪初，藏医药学逐步形成了南北两大学派，即强巴盒苏卡两大学派。两大学派都把《四部医典》作为总纲领，进行各自不同的研究，并根据自己的研究成果和经验，会变了各派的论著。强派创始人强巴·朗杰札桑针对西藏西部和北部的地理环境、气候、生活方式等特点，研究出了许多独特的治疗方法，撰写了《医典注释》，新创药剂法，而且在药物鉴别方面也有独到的创新。苏派代表人物苏卡尔·囊尼多吉大师主要针对西藏南方的湿热气候以及生活方式导致的疾病特点，创制了许多具有苏派特点的药物，并以大量的实践经验总结为依据著书立说，其中，最著名的著作有《医学千万舍利》《广论药物》《甘露宝库》等，确为切底实践者。
公元17世纪，5世达赖为了弘扬藏医药学，整理历代遗著，培养了一批优秀的藏医药人才，于1696年在拉萨药王山建立了医学利众学院，并下令以帝司·桑杰加措为代表的藏医药学家重新整理大量的藏医药学文献。
