那么，如此受重视的魏征，为何仅仅去世半年之后，就会被李世民清算呢？
这就要说起魏征生前所做的另外几件事情了。魏征敢言敢谏，李世民之所以能一直容忍，除了李世民自身的大度之外，还有一个重要原因，那就是魏征本人，并不善于结党。正是因为这个原因，李世民才能容忍魏征的冒犯，因为魏征不会对他的统治造成任何威胁。但是，魏征为官期间，除了对李世民谏言之外，还做过其他的事情。比如，向李世民推荐人才。魏征曾经向李世民推荐侯君集、杜正伦两人，说他们二人，有宰辅之才。
客观来说，魏征的这个推荐，倒也没有错。因为从后来的历史发展来看，这两个人的才能，确实是足以做宰相的。尤其是杜正伦，到了唐玄宗时期，也确实做过宰相。但问题是，当魏征去世之后，仅仅过了两个月的时间，就发生了一件事。正是这件事的发生，使得魏征本来公平无私的推荐，彻底说不清了。
这件事，就是李承乾谋反。魏征去世于公元643年2月11日。仅仅在魏征去世不到半个月之后，就传来了齐王李佑谋反的消息。李佑的谋反，很快就被镇压。到了四月初六，这件事就已经彻底了结，李佑本人也被贬黜为庶人。但是事情并没有就这样结束。
李佑的谋反，间接牵连出了当时作为太子的李承乾。当时在审问李佑案的时候，意外牵连到李承乾的亲信纥干承基。四月初一，纥干承基供出，李承乾竟然也要谋反！最终，李承乾被剥夺了太子位，贬为庶人。李承乾案发只是，魏征早已去世数月。但这件事，却间接牵扯到了魏征。
一方面，魏征曾经是太子李承乾的老师，而且还是李世民亲自制定给李承乾的。另一方面，魏征曾经推荐的侯君集、杜正伦二人，都是太子党最核心的成员。尤其是侯君集，更是太子李承乾的岳父。如此一来，魏征的位置，也就变得十分尴尬了。
正是因为这样的原因，当时盛怒之下的李世民，直接下令，推倒了魏征的墓碑，同时毁掉了魏征长子魏叔玉和衡山公主的婚事。至于挖坟鞭尸一事，仅仅只存在于野史当中，正史并无任何记载。
不过，李世民终究是一代雄主。在暴怒之后，还是意识到了自己的错误，明白是自己冤枉了魏征。贞观十九年，李世民亲征高丽，因为没能一战灭掉高丽，同时战损过大，想起了魏征。明言如果魏征还在，绝不会让他犯这样的错误。在这一年后，李世民命人帮魏征重新立碑，并且以少牢之礼祭奠魏征。一代名臣，终是得以善终。
