命纪通氏、仲起氏、阳侯氏、宿沙氏四族为中官土正。纪通氏居王屋(今河南济源)，主管中表；仲起氏居嵎番(今山东日照)，主管海陆；阳侯氏居阳谷(今山东聊城)，主管江湖；宿沙氏居东平(今山东泰安)，主管海盐。
命春官羲仲为木正，居青丘(今河南沧州青县)。夏官羲叔为火正，居陈留(今河南开封)；秋官和仲为金正，居秦岭太白山(今陕西宝鸡太白)；冬官和叔为水正，居龟蒙山(今山东临沂平邑)。另外封尊卢氏于鸿卢水(今河南三门峡卢氏)；混沌氏于昆吾屯留(今山西长治)；大庭氏于具茨山(今河南新郑)；有巢氏于朝城(今陕西渭南大荔朝邑镇)；无怀氏于裴城(今河南驻马店遂平)。
女皇二年(公元前7705年)，共工氏不肯听命于女娲，欲自立为帝，女娲怒而命火正祝融讨伐共工氏。这是中国远古史上最早的一次大规模群体战争。双方大战的结局是共工氏失败，率部族西奔，怒而袭击祭天圣地不周山(今甘肃兰州榆中)，共工率部族攻上山顶，砍倒了天齐建木，割断了八索准绳，定表向东南倾斜，表绳断绝，八维失准，象征王权的祭天中心遭到了严重破坏。
女娲又命骊连氏率族人与祝融氏族联合攻打共工氏，将共工氏一族赶往祁连山以北。由于天齐表木遭到破坏，天象观察和天气变化的预测都不能正常进行；结果这年夏天大洪水来临，人们在毫无知觉的情况下被突然而来的洪水吞没，许多族人都葬身于大洪水中。当时女娲等人居住在高地得以幸免。她立刻组织族人砍伐树木，绑制简易木排，下水营救被困的人。他们奋战了三天三夜，救出了数百名青年男女，这些获救的青年都向她磕头致谢，尊称她为圣母。女娲率族人与洪水搏斗的这段历史，后来在民间广为流传，逐渐被神化了，被演绎成了神话故事。
女皇十年(公元前7697年)，女娲宣布废除旧的群婚制度，施行以女人为主体的对偶婚姻。家庭也由原来的群体大家庭分裂成以女人为主体的独立家庭。不过这种家庭并不稳定，因为对偶婚是女人娶男人为夫，被娶来的男人在家庭中没有任何地位，除了劳动和与妻子过性生活外，在政治上和经济上没有丝毫权力。妻子随时可以把丈夫赶出去，再与外族团其他男子成婚。这种婚姻多则数月，少则几日，能保持一年以上的极少。因此，对偶婚的女人，一生可能会有几十次，甚至上百次婚姻。健康的男人一生可能充当几次或几十次丈夫，但当他们年老体衰时，就会被赶回本族团，依靠自己的外甥女来养老送终。
女娲之后，社会逐渐由母系氏族社会转向父系氏族社会，其部族民众中有以女娲之名为姓氏者，称女娲氏，后有省文简改为单姓女氏、娲氏、祸氏、呙氏者，皆世代相传至今。
