徐阶写的遗诏中对嘉靖的正面评价太少，还不加判别地提拔了大量官员，这也让嘉靖的极端政治变成了另一个极端，而高拱看到了这个缺陷。在高拱复职后，立马就重新给予嘉靖皇帝一个合理评价，也让隆庆新政得以实行。
也就是说徐阶、高拱不仅在性格上不和，政见同样相左，加之高拱有仇必报的脾气，整治徐阶就成了必然。
三、徐阶曾弹劾高拱，致其罢官
徐阶曾卧薪尝胆多年斗倒了严嵩，为朝廷除掉一大祸害，并把内阁权力提高到史无前例的地步。徐阶的权谋水平已难有人匹敌，于是面对高拱的挑战，徐阶也是慨然接受。
高拱由于没有儿子，就把家安排在内阁值班房附近，以便于上下班。在嘉靖帝重病期间，高拱却经常偷偷出来搬东西，高拱处于内阁高位，这其实也算不得什么过错。徐阶抓住把柄，暗中指挥胡应嘉弹劾高拱擅离职守，好在嘉靖皇帝病重，无暇过问奏章。
当然，胡应嘉弹劾的过程中并没有暴露出徐阶，只是高拱感觉这是徐阶在搞鬼，随即对徐阶更为忌恨和不满。不论胡应嘉是不是徐阶的人，高拱都是必定要报复的。隆庆帝继位后，当时胡应嘉掌管吏部，协助部院考察，在事情快完结的时候，胡应嘉却要求补充。
皇帝对此不太满意，下令要求内阁商议惩处胡应嘉的办法，内阁成员郭朴马上嚷嚷道：“胡应嘉没有臣子的礼节，应当贬为庶民。”郭朴和高拱是统一战线，这其中必定是高拱要报复胡应嘉。史料记载：“言路谓拱以私怨逐应嘉，交章劾之。给事中欧阳一敬劾拱尤力。”
徐阶、高拱的较量如期展开，双方各施所能，要置对方于死地。徐阶反攻高拱，弹劾高拱以私怨驱逐胡应嘉，徐阶当时仍是内阁首辅，能量仍很强大，在徐阶若有如无的安排下，高拱成为了众矢之的。
高拱专横也是被大家看在眼中，而且给事中欧阳一敬也参加了弹劾高拱的大军，高拱淹没在一片口水中，皇帝也爱莫能助，只能罢免了高拱。徐阶剔除了高拱，但徐阶并没有赶尽杀绝，一方面由于高拱是隆庆帝的老师，位置稳固，难以动摇，另一方面皇帝的对徐阶的信任也有所下降。不论如何，徐阶、高拱这梁子是结下了，以高拱快意恩仇的性格，可谓此仇不报非君子。
虽然高拱对徐阶有些“残忍”，但他对明帝国的贡献也极大，他促成了隆庆和议，让边境安定了几十年。朝廷的效率大幅度提升，一改嘉靖时期颓废，不论高拱多么专横跋扈，他对国家的功绩都会名留史册。
