冯太后的情人被杀，非常生气，虽然一个男宠死了不算什么，但是这是对冯太后威权的挑战，此后献文帝在与冯太后矛盾越来越深，作对的路上越走越远，献文帝天资聪明，当皇帝也能有所作为，但他本质上却是一个佛系皇帝，崇尚黄老之术，生性喜好黄老(道)、浮屠(佛)之学，常常与朝中士大夫和沙门(僧人)一起高谈玄理，也给人一种雅薄富贵、厌倦国政、不以天下事为意的印象，对待朝政也是一种佛系的态度。
冯太后认为这样对国家有害无益，就借助自己的权威逼献文帝退位。拓跋弘此时也无心过问国家政事，与冯太后积怨太深，大概是心灰意冷了，就有意要把皇位禅让给叔父京兆王拓跋子推，遭到冯太后和大臣们的强烈反对。
献文皇帝于是就禅位给不满5岁的太子拓跋宏，也就是后来的北魏孝文帝。而献文皇帝自己当上了太上皇，嫡母冯太后成了太皇太后，又一次开始临朝听政。《魏书·天象志三》所说：“上迫于太后，传位太子。”这一年，献文皇帝只有18岁。
孝文帝即位之初，已移居崇光宫的太上皇拓跋弘并没有放弃手中的权力。承明元年(476年)六月的一天，朝廷突然宣布戒严，京师气氛紧张，宫禁之中更是戒备森严。不久，太上皇应召前来晋谒冯太后，被伏兵一拥而上擒拿住，强行软禁起来。随后，死于平城永安殿。时人多言献文为冯太后杀害。
冯太后再度临朝听政，从此直到孝文帝当政后，成为北魏的政治核心。冯太后临朝当政，并没有把孝文帝排斥在外，她倒是尽可能让他参与，以便使孝文帝得到锻炼。正是由于冯太后的悉心培养，孝文帝才真正成熟起来，而且能够继承冯太后的改革事业，把“太和改制”推向高潮。太和十四年(490年)九月，49岁的冯太后死于平城皇宫的太和殿，谥号文明太皇太后
