但是袁崇焕跟钱龙锡还说了一句话：能用就用，不能用就处理了他。毛文龙本人确实谋略有限，每年浪费的军饷无法计算，并且只顾征招商贾，贩卖禁物，名义上在援助朝鲜，实际上是妄出边塞，没有军事的时候就以变卖人参、布匹为职事，有战争，也很少得到过他的帮助。袁崇焕在与毛文龙的几次会晤中，两人互不相让，彼此非常不爽。
所以之前在京城，钱龙锡在袁崇焕提到毛文龙所部的时候，才会表示狐疑，袁崇焕才会说出“能用就用，不能用就处理了他这样”的言语。袁崇焕借着阅兵的名义，亲自来到了皮岛，他跟毛文龙提出了希望毛主动下野的要求，但被毛文龙毫不犹豫拒绝。最后，袁崇焕亮出尚方宝剑处决了毛文龙。
得知袁崇焕杀死毛文龙，崇祯是非常震惊的，但是大局为重，只能依靠袁崇焕，崇祯选择了冷处理，但是崇祯对于袁崇焕“矫诏”行为应该非常不爽。袁崇焕斩毛文龙后，可以说为后金长驱南下解除了后顾之忧，加上蒙古诸部早就臣服，皇太极率十万精兵绕道内蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直迫明都北京。袁崇焕不得不率兵勤王，在波谲云诡的形势下，也葬送了自己的性命。
崇祯：老板难当
本来袁崇焕在北京保卫战中，已经遏制了皇太极的进攻，但是听说袁崇焕被下狱，皇太极又杀了个“回马枪”。这次明军的主帅已经是满桂，满桂认为后金军擅长野战，最好依托城防，防守反击。崇祯似乎记得袁崇焕也是这么说的。满桂心中虽然有一万只草泥马路过，但也只能出击，没办法，在老板不讲道理的时候只能拼命了，他的一条老命也葬送在了北京城下。
崇祯本来不乏成为一个政治家的素质，但距离雄主差好远，被袁崇焕事件折腾过一遍后的崇祯，不再信任臣子，患上了“被害妄想症”，直到李自成快打进北京的时候也没变过。所以在崇祯之后的执政生涯内，连续更换首辅，动辄罢黜大臣的事情屡见不鲜。
袁崇焕、东林士人钱龙锡、李标被逐出朝廷，取而代之的是温体仁、周延儒等佞臣。黄宗羲评价公允：崇祯知道东林是君子，但东林党中有恶徒，阉党中都非善类，但要利用阉党制衡东林党。崇祯屡屡斥责大臣，警告他们不要结党，偏偏因为他用人不当，党争在他手上还愈演愈烈。袁崇焕因没有政治头脑，缺乏战略眼光，“误杀”了毛文龙；崇祯敏感多疑，又“冤杀”了袁崇焕。
不过，由袁崇焕引起的连锁反应，挑动崇祯敏感多疑的神经，确实对明朝灭亡难辞其咎，轻言平辽，祸延九州，当真一点不冤。但就此认为袁崇焕是奸臣，又有点武断，因为即使身在狱中，他还是写信劝说他的部下祖大寿等人回来保卫京城，那本是他和崇祯皇帝谈判唯一的筹码，可他最终放弃了。这说明，袁崇焕至少不是“秦桧”，但他的能力、功绩乃至人品均不能服众，又差岳飞很远。
人总是复杂的，将一个历史人物简单定义为忠与奸两级分化是“脸谱化”，这是有失公允的，袁崇焕不是圣人，有诸多缺点，但他的实际行动，又证明了他确实是晚明最后一个能力挽狂澜的人。关于他是忠是奸，见仁见智，恐怕仍将争论下去。
