决策干预
司礼监利用皇帝对自己的宠信，甚至发展到直接对皇帝的决策进行干预和影响，使皇帝对事情的处理符合自己的思路。明英宗正统四年（1439年）冬十月，福建按察佥事廖谟以杖打死驿丞。廖谟的同乡内阁学士杨溥回到乡里，因为廖谟杀死驿丞而问罪于他。此事争议不决，故而报与张太后。王振说：“这二人是同乡，因此事抵命太重，应该相应的降低品级。”太后听从了王振的意见，降廖谟为同知。由此王振逐渐参与朝中决策。
成化时期宦官怀恩的事迹在史书中是颇为突出的。成化十二年（1484年），陕西、河南等地出现严重的旱灾，许多州县甚至出现人之相食的现象。然而就在这个时候，宪宗竟听信佛僧继晓的蛊惑，要在京城西市修建大永昌寺。修建该寺庙，要强令当地居民迁徙者数百家，而且耗费皇帑银两数万两。为此，刑部员外郎林俊上疏劝阻，并要求斩继晓以谢天下。
明宪宗看罢大怒，将林俊下锦衣卫大狱，并且想要杀他。为此，怀恩尽力为之求情，明宪宗大怒，将砚台扔向他，说：“你要和林俊一起忤逆我吗！”怀恩退后，称病不起。明宪宗的怒气消解之后，派人去看望怀恩，并释放了林俊。
还有一件事也能说明明代司礼监对皇帝的干预：有个叫章瑾的人，进贡宝石，求得锦衣卫镇抚之职，明宪宗允准了他。命怀恩前去传旨，怀恩说：“锦衣卫镇抚掌管天下诏狱，应该选择武臣中优秀的人任命，怎么能因为章瑾进贡就委任他呢？所以不宜去传旨。”宪宗说：“你想要违抗我的旨意吗？”怀恩说：“不敢违抗皇帝的旨意，但这是违法的。”明宪宗不得以，就命覃昌前去传旨。
嘉靖时期的司礼监掌印太监陈矩掌管司礼监达三十三年之久，而且照例管理东厂。明世宗想要廷杖进言的参政姜士昌，因为陈矩的谏言才告罢。云南的民众想要杀税监杨荣，世宗想尽数逮捕作乱之人，也因为陈矩的进言而告罢。
经济干预
早在洪武年间，宦官已经开始插手干预财政。正统以后，经理仓场，提督营造、珠池、银场、市舶、织造等都是宦官管理。到了明神宗万历年间，遍天下的矿监税使也都是由宦官担任，造成恶劣的灾难性后果。明代中央政府六部中，主管经济事务的是户部和工部。明代后期，曾设立名宦官衙署“户工总理”，授予其总署户工之权。
刘瑾当政后，不断的变乱成法，改变一系列的经济制度。这些制度的制定和实行，是与刘瑾分不开的。刘瑾败亡后，工部查奏了刘瑾乱政害人事计十一事，户部查奏刘瑾变乱田制十余事。这些数字可以看到刘瑾对经济政策的干预程度。明熹宗天启年间，太监涂文辅总督太仓、节慎两库，将宁安大长公主的宅第夺为办公的地方，命名为“户工总部”，设置骑马的侍从数百人，部郎以下全都设置为廷前参见。
