至正二十四年（1364年）三月，皇太子爱猷识理达腊迫使元顺帝解除孛罗帖木儿的军权，四月又以孛罗帖木儿的不受命为由，联合扩廓帖木儿一起出兵攻打孛罗帖木儿。于是，孛罗帖木儿便以“清君侧”为名，成为元顺帝的外援，先后两次率兵攻打大都，后于七月攻入大都。
八月，元顺帝以孛罗帖木儿为右丞相，在他执政的一年间，虽然制定了一些有利于百姓和恢复统治的政策，但对于已经千疮百孔的元廷来说，已经为时已晚。
至正二十五年（1365年）初，皇太子子爱猷识理达腊与扩廓帖木儿再次发兵攻打孛罗帖木儿。同年七月，孛罗帖木儿被元顺帝派人刺杀而死。
第四次“清君侧”：明朝“靖难之役”
明太祖朱元璋时期，他将宗室二十五人（24个儿子和1个从孙）封为藩王，分驻北部边境和全国各战略要地，想要以此加强皇室自身的力量。
这些藩王并不同于前朝的闲散王爷，尤其是他们掌握有一定的兵权。而由于要经常出兵讨伐北元残余势力，因此镇守北部便将的藩王兵权更重，例如宁王朱权“带甲八万，革车六千”，燕王朱棣更是握有“节制沿边士马”的重权。当时作为皇位继承人的朱允炆对此忧心忡忡，于是继位之后的第一件事就是削藩。
洪武三十一年（1398年）六月，洪武帝朱元璋驾崩，朱允炆继位为帝，很快便开始了削藩大业。继位还不足一个月，建文帝便以谋反为由将周王朱橚削为庶人。
建文元年（1399年）四月，建文帝又连削齐、湘、代三位亲王，全部将其废为庶人。其中湘王朱柏不堪受辱，为保名节举家自焚；齐王朱榑被软禁在南京；代王朱桂被软禁在封地大同。两个月后，岷王朱楩也被废为庶人，迁往漳州。
建文元年（1399年）七月，燕王遣使入京奏事，使者在齐泰等人审讯下供出燕王异状，于是建文帝降下密旨，令北平布政使张昺、都指挥使谢贵逮捕燕王府官属，张信逮捕燕王本人。但张信却向朱棣偷偷泄露了消息，于是朱棣用计诱杀了张昺、谢贵，随即以燕王府私兵八百人起兵，反抗明朝中央政府。
在控制北平后，朱棣以“尊祖训、清君侧，诛奸臣齐泰、黄子澄，为国靖难”为名，开启了长达四年的“靖难之役”，在建文帝和朝廷的一系列脑残作死操作下，最终取得了胜利。于建文四年（1402年）六月十三，攻破南京，建文帝下落不明。
靖难之役胜利之后，朱棣于1402年7月17日即皇帝位。不仅成为了历史上唯一一位以地方反攻中央成功的藩王，同时也是历史上唯一一位“清君侧”成功之人。
