元代
至元十四年(1277)，元朝廷在攻取浙、闽等地后，立即在泉州、庆元(今浙江宁波)、上海、澉浦(今属浙江海盐)四处港口设立市舶司。后来又陆续添设广州、温州、杭州三处。经过裁并，到13世纪末，只在庆元、泉州、广州三处港口设置。
市舶司由行省直接管辖。每司设提举二人，从五品。元朝政府曾在中央设立泉府司(院)，管理替国家经营买卖的商人，同时也经管市舶事务，但为时不长。
市舶司的主要职责是：根据舶商的申请﹐发给出海贸易的证明：对准许出海的船舶进行检查﹐察看有无挟带金、银、铜钱、军器、马匹、人口等违禁之物﹔船舶回港途中﹐派人前去封堵(封存货物)，押送回港；抵岸后，差官将全部货物监搬入库，并对全体船员进行搜检，以防私自夹带舶货；将舶货抽分，细色(珍贵品)十取一，粗色(一般商品)十五取一。后改为细货十取二，粗货十五取二。
另征收舶税，三十取一。之后﹐发还舶商自行出售。对于来中国贸易的外国商船，市舶司也采取类似的管理办法。市舶司的收入甚多，仅至元二十六年，就向元政府上交珠四百斤，金三千四百两。当时人说市舶收入是军国之所资，可见它在元政府财政开支中占有重要地位。
市舶司初建时，一般均沿用南宋制度，日久弊生，严重影响市舶收入。至元三十年﹐元政府制订了“整治市舶司勾当”的法则二十二条。延佑元年(1314)，又修订颁布了新的市舶法则二十二条。这两个法则，对市舶司的职责范围作了明确的规定，其目的是为了加强政府对海外贸易的控制，增加更多收入。元代的市舶法则比宋代更为严密，说明封建国家在管理海外贸易方面已经具有更为丰富的经验。但是贵族官僚常常带头破坏规定，使它流于空文。
元代见于记载的与中国建立海道贸易关系的国家和地区在一百个以上，东起日本﹑高丽(今朝鲜)，西至东北非和西南亚。进口的舶货，种类繁多。据庆元市舶司的资料，细色一百三十余种，粗色约九十种，共两百二十余种，主要是香料﹑药材﹑布匹﹑宝物等。经市舶司允许出口的货物有纺织品﹑陶瓷器﹑日常生活用品等。海外贸易的开展，有助于中外经济﹑文化的交流。市舶司的设立，使海外贸易趋于制度化，初期起过一定的积极作用。但市舶司是封建国家机器的一个组成部分，同样存在官僚机构的种种弊端，往往阻碍了海外贸易的开展，元代中期以后特别明显。
明代
明代沿袭前朝之制，市舶司管理海外诸国朝贡和贸易事务，置提举一人，从五品，副提举二人，从六品，属下吏目一人，从九品。提举或特派，或由按察使和盐课提举司提举兼任。市舶司隶属于布政司。因此税收大权完全掌握在布政司等长官手中。直至明末，采取了定额的包税制，才改由提举负责征收。
吴元年(元至正十二年，1367)设市舶提举司于直隶太仓州黄渡镇(今江苏太仓附近)。洪武三年(1370)以太仓逼近京城改设在广东广州﹑福建泉州(后移至福州)﹑浙江宁波各一司。在广东的是专为占城(越南)﹑暹罗(泰国)﹑满剌加(马来西亚)﹑真腊(柬埔寨)诸国朝贡而设，在浙江的是专为日本朝贡而设，在福建的是专为琉球朝贡而设。七年上述三司曾经一度废止。
永乐元年(1403)又在广州设怀远驿，在泉州设来远驿，在宁波设安远驿，由市舶司掌管接待各国贡使及其随员。广东怀远驿规模庞大，有室二十间。广东市舶司命内臣提督。六年，为了接待西南诸国贡使，又在交址云屯(今越南广宁省锦普港)设市舶提举司。
明武宗正德十三年（1518），广东市舶司迁至高州电白县(即今电白电城镇)，随着市舶司的迁移，对外贸易港口也发生了变化。从正德至嘉靖几十年间，电白港的“市舶贸易”很为繁盛。嘉靖元年(1522)，因倭寇猖獗，罢去浙江﹑福建二司，唯存广东一司，不久亦被废止。直到三十九年，经淮扬巡抚唐顺之的请求，三司才得到恢复。四十四年，浙江一司以巡抚刘畿的请求，又罢。福建一司开而复废，至万历中始恢复。自此以后，终明之世，市舶司无大变动。
