然而，随着更多殖民者的到来，打破了印第安人与殖民者这种和平友好相处的日子，他们之间的矛盾冲突突显出来。
印第安人当时还处在原始社会，过着原始共产主义的生活，根本没有私有制的概念，土地、森林、江河均属于集体公共财产，且遵循自然法则。用现在的话说就是遵守绿色环保理念，从不过度掠夺，让土地、森林、江河得以休养生息。然而，随着与殖民者接触的增多，集体与私有理念发生碰撞，印第安人才明白殖民者建的房屋、开的荒地竟然都归自己所有。
而殖民者来到北美是由英王发给他们特殊许可证的，他们远渡重洋就是要拥有这边的土地，开荒种地，砍伐树木建房建船，在这里生存。这种土地是财富是资源的思想传到了美洲。而更糟糕的是，蜂拥而至的移民都是奔着土地来的。可是到了之后才发现土地确实有，但不能归自己所有，于是他们就绞尽脑汁从印第安人那里骗取土地。从而加剧了与印第安人的矛盾。
同时，他们瞧不起这些拥有土地、森林等资源却过着原始部落生活的印第安人，觉得这些印第安人白白拥有这些资源，而且挡住了他们发大财的财路。他们开始讨厌印第安人，也把问题都安到印第安人头上。
还有这些殖民者大多是虔诚的基督徒，在他们看来所有人都应该信仰基督，当年十字军数次东征就是为了这个，所以他们不遗余力地向印第安人传教。可是，事实上印第安人有自己宗教信仰，他们崇信自然和自然万物的互相依存，有自己的向自然的创造者祈福的仪式。并认为殖民者的开荒种地、大肆砍伐和渔猎是在破坏自然。
所以，印第安人是不可能信基督徒的，加上殖民者中基督教徒认为印第安人祈福的仪式十分另类异端，如此他们之间的宗教矛盾也无法调和。殖民者认定他们是崇拜异端的异教徒，需要净化。
到了1618年主张与殖民者关系联姻友好的酋长去世，其弟继任。此人精明勇敢，更知殖民者的贪得无厌，知道如此下去，印第安人最终将无立足之地。
于是，在1622年此人组织印第安人突袭了詹姆斯敦，杀了350人，使殖民者丧失了近三分之一，战争持续到1632年9月30日，以印第安人丧失了对弗吉尼亚的控制权为标志结束了战争。1644年，印第安人又突袭了新英格兰，杀了300多移民。
此时殖民者已经站稳了脚跟，在1646年10月，继任首领被杀。许多新部落都成为了英格兰国王的附属国。1675年，殖民者又发起“大沼泽地战役”，剿杀近千名印第安人。
还有一点让印第安人无法接受，就是殖民者把天花、麻疹、疟疾、鼠疫等欧洲常见病带到了北美。这些病毒在北美根本没有，对此印第安人毫无免疫力，被传染的部落基本损失殆尽。
因为传染病双方又爆发了冲突，从1675年开始，落后的印第安部落用两年时间，付出沉重的代价，荡平了90个移民定居点中的50多个，最终殖民者采取分化瓦解收买的手段，才没有失败。
之后仍然是冲突不断，战争连绵，都有死伤，如此殖民者与印第安人的仇恨就算结下了。
在这旷日持久的争斗中，当然是殖民者占有优势，他们武器先进、战术灵活，而且都是外来的殖民者，民族单一，比较抱团，所以一个殖民据点遭袭，其它据点会不遗余力来支援。
当然印第安人也不傻，也注意向殖民者学习，还向看英国殖民者不顺眼的法国人、西班牙人购买武器，再加上战争缴获所得，印第安人也装备了新式火器和优质战马。这让此后双方的冲突不断升级。
由于印第安人内部松散和部落矛盾复杂，再加上各殖民国家的援助和挑拨，让印第安人卷入到在自己的土地上欧洲人的纷争之中。
在1756年至1763年以法英两国为主体的“七年战争”中，印第安人在北美战场有的站在英国一边、有的站在法国一边、有的与西班牙一起打英国人。
而英国获得七年战争胜利后规定：阿巴拉契亚山脉以西为印第安保留地，北美殖民者不得西进，还部署军队看守，不让向西开荒，不让从印第安人手上的合法购地。这对于北美殖民地人民是极不公平的，他们不顾生死支援打败法国和西班牙，有的还在西部花大价钱买了地想在战后发大财，结果不但什么也没捞着，还被英国拦住发财之路，这让他们赔得底朝天。
英国的做法极大伤害了殖民者对于宗主国的感情，更让殖民者怨恨印第安人。
在美国独立战争爆发后，印第安人报仇的机会来了，他们加入了英军，四处偷袭移民定居点，协助英军作战，搅乱了美军的作战计划，给美军的兵源和后勤补给造成巨大困难。在美国独立战争获胜之后，印第安人仍在英国人的支持下不断袭扰美国。
这更加剧了殖民者与印第安人之间的仇恨。就连民主领袖乔治·华盛顿、第三任总统托马斯·杰斐逊都或明或暗地指示他们的部属对印地安人可以不择手段甚至是屠杀。
西进时，美国人对印第安人用尽了哄骗欺诈恐吓等手段，甚至把签约地点选在美国人的军事要塞中，印第安人哪敢不签约，就这样印第安的土地无情地被夺走。
印第安人拥有的广袤土地和丰富资源，是殖民者前赴后继的动力源泉，更是殖民者以及后来的美国人要对印第安人赶尽杀绝的根本动因，印第安人内部的涣散混乱、对殖民者的喜怒无常以及骁勇善战，让这些人痛下杀手且无所顾忌。
