黄巢称帝后，士兵则如同明火执杖的强盗一般在长安街头杀人越货，争抢美女，殴打平民，到处扰民。几个月后，出现粮荒，长安城里一片混乱。小股唐军乘乱攻城，黄巢十分虚弱，立刻带了少数随从逃出城。唐军进城之后，受到长安百姓的欢迎。
黄巢到了城外定下神来，才发现入城唐军人数很少，随即反攻入城。重入长安的黄巢，对于百姓欢迎唐军一事恨之入骨，居然下令屠城。将城中男丁杀戮殆尽，来了个“巢怒民迎王师，纵击杀八万人，血流于路可涉也，谓之洗城”，血洗长安城。
这座当时世界人口最多的第一大城市长安，人烟断绝，成为一座空城。后来唐廷借沙陀兵协助攻城，一万多沙陀兵与黄巢十余万人对阵，黄巢一战即溃，只好弃城逃跑。883年4月，黄巢逃出长安之时，下令纵火。这座周、秦以来一直作为首都的古城，有一千五百多年的建都史，当时世界最大的百万人口城市，一炬成灰。从此，这座古城即与首都无缘。安史之乱，安禄山没有毁掉长安，吐藩攻入长安，市区略有所损，敢冒天下之大不韪彻底毁掉长安的古往今来只有黄巢!
更为残忍的是，黄巢在失败前夕包围陈州近一年时间里，采用过机械化方式，将活人粉碎，以人肉作军粮，供应他围城部队，以保证他起义军的战斗力，也是前无古人，后无来者的规模。其骇人听闻的程度，既是中国之最，大概也是世界之最。黄巢所过之地，百姓净尽、赤地千里。
《旧唐书》记载：黄巢率领全军围陈州近一年，数百(一说三千)巨碓，同时开工，成为供应军粮的人肉作坊，流水作业，日夜不辍。将活生生的大批乡民、俘虏，无论男女，不分老幼，悉数纳入巨舂，顷刻磨成肉糜，并称之为“捣磨寨”。
陈州四周的老百姓被吃光了，就“纵兵四掠，自河南、许、汝、唐、邓、孟、郑、汴、曹、徐、兖等数十州，咸被其毒。”黄巢拉起的队伍，在行军作战中病死、饿死、战死的总数至少在一百万人以上。他带进长安的几十万人，大部分是饿死的。在黄巢起兵时，中原本是一个人口稠密的地区，到了他败死之时，这里已是纵横千里,全无人烟，一片焦土。后来，黄巢弃城逃跑到山东狼虎谷时，只剩下残兵一千余人，黄巢走投无路，众叛亲离，自杀身亡(一说被他外甥林言所杀)
纵观这位农民领袖大规模“吃人不吐骨头”行径，其野蛮，残酷，恐怖，骇人听闻，岂能给他冠以“起义领袖”来美化他。历代农民铤而走险，反抗强大的统治者，起义军的头目，无不残忍野蛮，无不杀人无算。但是，像黄巢以人肉为粮糗的恶行，绝非一般意义的战场上的较量，而是人性灭绝的屠杀。黄巢起兵还引发了拥兵割据的藩镇遍布全国，此后就出现了五代十国的乱世。
十年间，黄巢走一路害一路，给人民带来无穷的灾难，老百姓永远忘不了，流传的一条谚语就足以说明老百姓对他的愤恨了：“黄巢杀人八百万——劫数难逃。”
