其次，诸侯势大，拥兵自重，夺位残酷
在元人看来，天下为黄金家族共有，成吉思汗子孙人人有份。元代分封宗室，诸侯裂土临民，割据一方，手握重兵。其中图谋社稷者，重则大动干戈，轻则也以兵势威逼。
蒙哥汗死后，漠南忽必烈和漠北阿里不哥都有重兵在手，他们相继单方召开忽里台大会，强登汗位。并开始了持续数年的血腥战争，最后以忽必烈胜利告终。
窝阔台后王海都依托海牙立一带世袭领地，联络西北宗王起兵夺权，叛军一度攻入岭北祖宗之地，漠北诸侯觊觎汗位者，乃颜、昔里吉等人也兴兵作乱。草原烽火延续三十年才得以平息。
元仁宗在准备登临大位时，原先的盟友其兄怀宁王海山带精兵两万进逼大都。太后答己请来算命先生以“重光大荒落”的迷信说法，想哄海山回去。被海山以“天道芒昧，灼然何疑”进行驳斥。通过武力威胁，海山终得帝位，是为武宗。
第三，大汗多早崩，权力周期短
蒙元大汗中忽必烈活了80岁，成吉思汗活了66岁，其余人都享寿不久。除开被弑者，自然死亡的也多壮年逝世。贵由享年42岁，元成宗享年41岁，元仁宗享年34岁，元武宗享年29岁，元文宗享年28岁，这可能和蒙古贵族酗酒纵欲的不良生活习惯有关。天子短命，缩短了权力交接的周期，也增大了政治危机的出现概率。
第四，权臣一手遮天，干预废立
元代中后期常有蒙古色目大臣往往掌握军权，飞扬跋扈，参与废立，导致政局动荡。太师铁木迭尔，依仗太皇太后，“恃其权宠，乘间肆毒，睚呲之私，无有不报”“日诛大臣不附己者”，“上下蒙蔽，为赃钜万”。铁木迭尔病死后，其子锁南和义子铁失承其父权势党羽，操控阿速卫军。他们对元英宗改革变法、振立纲纪不满，发动“南坡之变”，杀死英宗皇帝和宰相拜柱，迎立晋王为泰定帝。
后复有燕铁木儿，在泰定帝驾崩后，发动政变，拥立文宗，攻占上都，谋杀明宗，得以权倾朝野。“一切中书政务，悉听总裁”，“挟震主之威，肆意无忌”，还扬言“天下本我家之天下”。元文宗死后，燕铁木儿拥七岁的小皇帝元宁宗即位，以便控制把弄。宁宗暴卒，燕铁木儿又派人接十三岁的惠宗入都，以图迎立首功，但惠宗“一无所答”，燕铁木儿不爽，竟迁延不立，至使得皇位空悬半年。
燕铁木儿通过兵变扶持新君，又因有奉迎之功而权倾天下，权势遮天之后，再干预建储。元末权臣即是如此玩弄手段，搅乱朝纲。
第五，后宫权重，插手汗位
蒙元前期在先汗驾崩后，忽里台大会选汗前，往往由先皇皇后临朝听政，如乃马真后，海迷失后。她们对于谁继承汗位有很大的话语权。前文所说乃马真立贵由，就是一个例证。
后忽里台大会名存实亡，但在选择下任天子时，太后也有至关重要的一票。真金妻仁裕皇后阔阔真爱幼子铁穆尔甚于长子甘麻剌。忽必烈死后，甘麻剌和铁穆尔争夺皇位，阔阔真叫他们俩背诵成吉思汗圣训。铁穆尔倒背如流，甘麻剌因为有口吃，背起来结结巴巴的，在群臣面前出尽洋相。就此甘麻剌和皇位失之交臂。
到元末，还出现皇后逼天子退位之事。高丽女奇氏，颇得元惠宗宠爱，一直从贡女升到大皇后，并成功立己子为太子。后来奇皇后居然勾结军阀王保保，逼迫惠宗让位给太子。太子势力和皇帝势力就此展开混战，直到明军攻克大都方才收场。
以上各种原因互相交织，造成了元朝政局的动荡，导致了元朝帝位更替频频。大元帝国就在这些内耗中不断损耗着国力，终被农民起义的洪流所埋葬。
