东晋内部的第二大矛盾就是司马家族和士族的矛盾，以及南方士族和北方士族的矛盾。晋室南渡，南北方士族的支持。在南渡初期，北方士族思念故土，于是想收复北方。但是南方士族认为北伐消耗的不过是江南过去累积的财富，而北方就算成功，南方士族也得不到什么利益，因而不支持北伐。在这样的条件下，司马睿只能力求稳定，不想大动干戈。当祖逖提出来要北伐的时候，司马睿不反对，但也不支持。
当北方士族在江南一带获得土地，建立更加富饶的庄园后，他们也没有了北伐之心了。而北方士族定居南方，自然损害了南方士族的权力。在南渡之初，曾经三定江南的南方士族代表周玘发动了叛乱，之后周勰、徐馥、孙弼、周续等江南士族陆续起兵。南方士族的起义被平定后，北方来的王氏就尽灭义兴周氏和吴兴沈氏两支最强悍的家族，使得南北士族矛盾暂时被压制。
对于晋室来说，任何一家士族的强盛都会威胁到自己，因而东晋的王权和士族权力的斗争也十分激烈。例如谢氏集团在桓温去世后迅速崛起，掌握了朝政大权，并组建北府兵击败了前秦大军，取得了淝水之战的胜利。此后，谢氏集团乘机发动东晋第三次大规模的北伐，一度收复了河南、山东。但是司马氏集团为了限制谢氏，于是宗室司马恬接掌北府兵统帅权，北伐的大军也被撤回，第三次北伐的成就也很快灰飞烟灭。
东晋内部的另外一大矛盾是士族和平民的阶级矛盾。两晋时期，大量的平民沦为了依附民，如佃客、部曲、宾客、奴婢等，他们基本失去了人身自由权，世家大族甚至对其任意杀害。在晋朝，大约有一半的人口沦为依附民。东晋建立后，这种矛盾越到后来越严重。东晋末期，司马元强制在浙江一带征兵，于是就引发了东晋最大的农民起义——孙恩卢循起义。起义前后经历11年，转战东南大部分地区，对东晋经济造成了严重破坏。这场起义也是士族走向衰落的开端。
卢循起义还直接影响了刘裕北伐。409年，刘裕带领大军北伐，到第二年攻破广固城，生擒其国王慕容超，南燕灭亡。但是刘裕未能进一步出兵河北，正当刘裕灭南燕之时，孙恩的残余势力在卢循、徐道覆的带领下，在交州发动起义，起义军分两路北上，攻陷了江西、湖南大片地方，直逼建康。在这样危急的情况下，刘裕赶紧班师回朝。411年，刘裕消灭了卢循起义军，暂时稳定了南方的局势。在阶级矛盾尖锐的情况下，东晋怎么可能派遣主力劳师远征呢？
纵观整个东晋大约100年的历史，总体感觉是和平的、宁静的，实际上各种矛盾交织在一起，东晋的版图也被各大势力划分为了几大块，毫无凝聚力可言。从司马睿南渡以来，南方就先后爆发了王敦之乱、苏峻之乱、周氏起兵、桓温专权、桓玄代晋、刘裕灭桓、刘氏火拼、孙恩卢循起义等战乱。都说当时北方战乱频繁，当时东晋内部也同样如此啊。这样的王朝怎么可能统一天下呢？
