东晋就不一样了。晋室南渡之后，以琅琊王氏为首的名门大族拥立了司马炎的侄子司马睿为帝。但晋元帝司马睿显然不是西晋指定的继承人。东晋的国号虽然不变，只不过是江南的豪强势力和南渡的北方势力妥协后成立的政权。
而且东晋的皇帝们自始至终都被权臣压制着，堪称最孱弱的王朝。东晋不但不能统一天下，还无意北伐，只是喊喊口号或者做做样子，直到南朝宋的一代雄主刘裕崛起，才真正决意北伐。因此，东晋既不“正”，也不“统”。
有人说，平王东迁，东周依然是正统，为什么晋室南迁就不是正统了？这个问题很容易回答。周平王是西周的法定继承人，迁都洛阳的时候，仍然是周天子的身份，天下诸侯国也承认周天子的地位。除了郑庄公率先挑战周王室的权威，春秋霸主齐桓公和晋文公等人奉行的是“尊王攘夷”，维护了天下的安定。东周残喘数百年走向灭亡，被大一统的秦朝取代是历史发展的必然趋势。
东晋的晋元帝没有合法继承人的身份我们已经说过，无需赘述。还有一个地理的因素，也是东晋不能称作“正统”的原因。
二、东晋在江南立国的问题
这里还以周平王东迁做比较。当时西周王朝的国都在镐京，位于陕西西安。早在周成王时期，周公就营建了洛邑。周王朝分封天下诸侯，王室自身也享有“邦畿千里”的领地。洛邑本来就是一个陪都，还在周王室自己的领地内。所以平王东迁虽然也是躲避战乱，但人家是在王室领地之内迁都。
东晋则是在西晋彻底亡国之后，偏安江南，在洛阳千里之外的建康（南京）立国。这当然和平王东迁的性质不同，起初连江南的豪强势力都不太认可新生的东晋。严格来说，东晋和北方的割据政权没有什么本质的不同，谁也别说自己是正统王朝。
那么，谁才是下一个正统王朝呢？当然是结束南北朝对峙局面的大隋朝。不过，从中原文化的角度而言，人们普遍还是偏向东晋的，毕竟其延续了中原文化的火种。所以司马光主编的《资治通鉴》里，在西晋灭亡后，仍以东晋王朝纪年。
