《至理卷第五》论有无、形神关系，强调“气”的作用。该篇阐述医理，提倡崇尚良医，反对巫术迷信，指出道士应兼修医术，并记载了服药、行气、禁咒等法。《微旨卷第六》认为浅见之徒不信成仙，不足为怪。述九丹金液为众术之主，及宝精受气、守身炼形、房中等术。强调修仙必须积善，有三尸、灶神察人善恶等。《塞难卷第七》论述成仙皆由命中注定，凡人可以成仙。认为儒者是易中之难，道者是难中之易。动火成仙只能对中等以上人起作用，下愚之人不会相信。并引《龟甲文》曰“我命在我不在天，还丹成金亿万年。”
《释滞卷第八》认为佐时与轻举可以兼修，修仙不妨碍治国。并言宝精、行炁、服药为求仙之至要，不可专靠房中本。又认为对道书要加以选择。《道意卷第九》论道为宇宙本体，道本无名。劝人修道而不要祭祷鬼神，斥责张角、李宽等淫祀妖邪、奸乱浅陋。《明本卷第十》认为神仙先儒教后，黄老并不比尧舜周孔逊色。并且指出，上士得道于三军，中士得道于都市，下士得道于山林。
《仙药卷第十一》述各种仙药，包括五芝、云母、雄黄、玉、金、银、真珠、草木药、丹砂、松脂等。详述产地及采制、服用等方法，并证以神仙故事和传说。《辨问卷第十二》论“圣人不必仙，仙人不必圣。”认为圣人不修仙，是命中无缘，不能因圣人不为，便说天下无仙。《极言卷第十三》强调学仙必须求师。黄帝、老子、彭祖、安期等皆不死，均有师传。又说长生必须补损，养生在于以不伤力本。
《勤求卷第十四》论求真师、勤修炼。劝大要勤于求师，而且要慎择真师。《杂应卷第十五》论述断谷、却寒、却热、服药、辟五兵、吞气、隐沦、去病、召神、乘跻、占卜、坚齿、变化、导引、聪耳、明目、登涉、辟疫、存思、符箓等方术。《黄白卷第十六》述黄白术。认为天下事物均可变化，故黄金、白银可以烧炼而成。指出炼黄白必须师授口诀，必须择清洁之地。烧炼黄白不是为了致富，而是为了长生。该篇还详细介绍了几种黄白术。
《登涉卷第十七》述入山远游诸术。有辟鬼邪、蛇龙、毒魅、虎狼及入水诸法，包括服符呼箓、镜照苇挝、禁炁封印、遁甲择日、步虚诵咒、佩药服丸等。《地真卷第十八》论金丹及守真一、守玄一之道。葛洪称“道起于一”，谓“一”有姓名服色，在三丹田之中。守一可以去邪，获得长生。《遇览卷第十九》述道经书目。葛洪阅其师郑隐之藏书，著录备种道书神符凡260种。这些道书大部分己亡佚，唯赖此载可以略窥晋之前道书之梗概。《祛惑卷第二十》论识别神仙之真假。强调要勘求明师，谨防庸师、假师，并举例说明。葛洪认为，只有通晓金丹术者才是真师。
《外篇》的基本内容
《外篇》言人事，以儒为宗，反映了葛洪儒教的思想。《弭讼》等9篇论述时政得失，讥刺世俗，言治民之法。《臣节》等7篇评人事臧否，主张藏器待时，克己思君。《君道》等14篇谏君主任贤举能，爱民节欲，独掌权柄。《勖学》、《崇教》两篇论超俗出世。《交际》等5篇论修身。《钧世》等7篇论文言著书之贵。
《诘鲍》篇主张有君。《博喻》、《广譬》两篇皆替喻，重复诸篇思想。《自叙》一篇殿后，乃自传体，亦为全书之序。《外篇》论时政得失，托古刺今，讥评世俗，述治民之道，主张任贤举能，爱民节欲。《四库提要》谓其“辞旨辨博，饶有名理。”鲁迅赞其“论及晋末社会状态”。
《外篇》还阐述了进步的文学观，强调要注重思想内容和社会作用，主张立言必须有助于教化，同时提倡文章与德行并重。认为文学是发展的，今胜于古，既要反对唯古是尊，又要反对厚今薄古。强调文学批评要注意作者的风格、个性，要广录博收，反对偏嗜和浅尝。
葛洪在《抱朴子》一书之中，将玄学与道教纳为一体，将神学与道学纳为一体，将方术与金丹纳为一体，将丹鼎与符炁纳为一体，将儒学与仙学纳为一体，从而确立了道教的神仙理论体系。
唐密九秘
九字真言，出自东晋葛洪的《抱朴子内篇·登涉》，原文有两种说法。一种是“临兵斗者，皆阵列前行”；一种是“临兵斗者，皆数组前行”。唐密传入日本时，被误抄为“临、兵、斗、者、皆、阵、列、在、前”，而成为日本修验道之山伏所重视的咒法。
归隐山林
《家语》曰：“不食者，不死而神。”《说文解字》：“仙:长生仙去。从人从山。”《释名》“老而不死曰仙。仙，迁也。迁入山也。故其制字人旁作山也。”葛洪著有《抱朴子》一书，认为山林是道者避隐合药之处，强调说：“山林之中非有道也，而为道者必入山林，诚欲远彼腥膻，而即此清净也。”（《抱朴子内篇·卷十，明本》）又说：“是以古之道士，合作神药，必入名山，不止凡山之中，正为此也。”（《抱朴子内篇·卷四·金丹》）他认为归隐山林是一件很庄重，很神秘的事情，“名山为合药之所”，是他选择炼丹地的主要外部条件。他认为宗教是神圣的作业，还“宜入名山”，远离俗人。为道之士“莫不飘渺绝迹幽隐山林。”
