曹操“对人不对族”的政治理念此后被司马家族学了去。魏晋之际，司马家族一直试图通过将魏臣转化为晋臣的方式来完成“光荣革命”，如若不果，在整肃个人的同时，也尽量让个人与其家族切割，试图维持与世家大族的良好关系。司马昭在处置钟会“叛变”事件时，仅株连钟会直系子弟，保全了颖川钟氏家族；司马昭杀嵇康时，也赦免了其子嵇绍，后来还召嵇绍入朝为官。
南北朝时期，在南朝那边，政权更迭也基本上通过名义上的“禅让”来实现，世家大族不仅和平“易帜”即可，并且还在此种混乱的政治环境中奇货可居，成为新旧王朝各方势力争相交好的关键性力量；在北朝那边，战乱时没有南迁的世家大族也得以回归乡里，聚宗自卫，而自北魏前后，更是也为胡族政权所规模接纳，此种趋势随着拓跋汉化更是进一步加深。
然而，世家大族七百年间之所以屹立不倒的有利条件，到了唐末却全然消失。
唐末科举制度的“进化”固然是原因之一。孙国栋先生在《唐宋之际社会门第之消融》一文中说，“晚唐以后，空气稍变，主司渐有抑豪门、奖寒畯者”，甚至有公卿子弟却有实艺而主司反避嫌不敢取者；亦有父兄在贵位，子弟避嫌不敢应举者。
但最根本的原因，还是正如《中古中国门阀大族的消亡》一书中所谈论的那样，在唐末五代无穷的战乱中，世家大族被“肉体毁灭”了。
唐末五代的战乱超出了世家大族所理解的历史世界，东汉末年尽管有曹操诗中“白骨露于野，千里无鸡鸣”之说，但终究更是平民百姓的一场浩劫，同诗中也有“关东有义士，兴兵讨群凶”，关东的世家大族在还兴兵讨凶，并未遭到大范围的肉体毁灭。但是唐末五代呢，则有韦庄的一句诗为证，“天街踏尽公卿骨”。
如谭凯所说，黄巢之乱与唐朝之前的安史之乱等战乱本质性不同的是，即使粗鄙无文如安禄山，也在期待依靠他熟悉的世家大族和既有官僚机构，尽快建立起可行的统治；而黄巢及其后来者，则发起了对官僚集团大规模有组织的杀戮。
唐末李振曾将裴枢等三十余位出身士族的大臣诛杀于白马驿，并将尸体投入黄河，云“此等自谓清流，宜投诸河，永为浊流”。
不仅如此，唐末战乱的延续时间之长也让门阀世家无法恢复元气。《中古中国门阀大族的消亡》一书说，“持续整整一代人的各种暴力，本质上加剧了动乱对精英的整体影响，导致即使有幸躲过一次屠杀，也无人能在持续二十五年的残酷暴力中毫发无损”。
以往的战乱，多数集中在北方，世家大族至少可以通过南渡，在南方修养生息。而唐末的战乱则波及了帝国境内所有大的人口聚集地，晚唐五代已少有地方可以作为避风港。
即使世家大族中还有幸存者，长时间大范围的战乱也摧毁了他们的田庄，摧毁了他们赖以兴盛的经济基础和教育场域。这一点正如孙国栋先生所言，“政局之动乱，固足以摧残大族，然大族子弟犹得退居乡里，自保其家业，异日或卷入再来。惟战乱与灾荒之蹂躏，则使大族虽欲退保家园而不可得，以往所恃以为子弟世守之庄业被摧残，于是大族更一蹶不得复振，其害又甚于政局之转移也”。
伊沛霞《早期中华帝国的贵族家庭》中所说的一个细节，似乎可以作为门阀世家的最后尾声。作为博陵崔氏在正史中所载的最后一个人，崔棁在乱世中仍然维护着旧族的生活方式与礼仪，作为那个时代仅有的懂得旧时礼仪的遗民，他为后晋朝廷亲自培训所有的乐工舞者，在943年恢复了传统宫廷的文武二舞，首演当天，群臣嗟叹不已。第二年，崔棁卒，二舞制度遂被废除。
947年，当人们看到由崔棁亲自培训的乐工夹道奉迎耀武扬威入中原的契丹人之时，不禁悲痛流涕。他们都想起了，最后的崔氏，和旧日时光。
