这些矛盾的最后可以解决并不是司马睿在其中出了多少力（一个丢掉了后山，并且没有实际的兵马权力的王能有什么力量，当时有力量的晋朝王室都去争夺皇室的位置了），而是王导出了多少力。那么皇帝的权威力较之于王导来说明显是处于下风的，所以为之后的士族产生的一系列问题埋下了伏笔。
北迁来的士族越来越多，同时其矛盾也在加深——士族尽力保持内部的平衡
王导凭借着自己在南方地区开发的努力，提高了王氏家族在整个江东的地位，当时的琅琊王氏是当时的第一大士族，皇室为了稳定王氏家族的力量，频繁与王氏家族联姻，加强了王氏家族在江东的统治地位。就这样出现了“王与马共天下”的局面。后期皇帝的权力也并没有得到很大程度上的提升，因为所有的朝政的实际掌管者是王导。
因为在前期东晋的建立过程中，是王导着力处理与南方土著士族统治者的矛盾，后续产生的很多问题都必须王导或者王氏家族的人前去办理，南方士族才会得到一定的认可。相比较于司马睿而言，南方的士族其实更相信王导，也就是王氏家族。后来处理的朝政越来愈多，王导有点力不从心，但是不稳定的局面交给谁都是不合适的，所以大部分的下属权力都是交给了王氏家族的人。
久而久之王氏家族逐渐成为了政治上的一张网，让当时的东晋皇帝越发难以控制。后来兴起的几个家族大概也是同样的路子，比如颍川庾氏、龙亢桓氏、陈郡谢氏都是通过武力来打开自己家族在当时东晋的朝政地位。之前有过几次北伐，其实从整体的实力上来说，东晋是有实力进行北伐的，但是内部的矛盾太过于复杂，反而阻挡了北伐之路，颍川庾氏、龙亢桓氏都进行了北伐。
并且这两个家族在北伐的过程中还取得了一定的成就，但是迫于士族内部的阻挠，使得原来打下来的土地在之后都丧失了。现在问题的关键并不在皇帝和士族之间，而是在与士族和士族之间，由于大士族不仅仅有一个，所以在制衡上面，一定会进行强烈的制约，看看颍川庾氏、龙亢桓氏的例子就知道了。
之前两个家族的在士族中的地位并不是很高，但是由于北伐的一些功绩，使得所有的资源和关系都在向这两个家族靠拢，资源和关系是一定的，那么这两个家族的资源多了，自然别人家就少了。
所以当时颍川庾氏北伐，遭到了王导的极力反对，并且王导在南京强用自己的行政权，将庾亮召回。当然，看见这两个家族都凭借北伐起来了，别人家肯定也起了此种心思。但是其他的大士族经过了两次教训后，也学会了怎么阻挠，所以后面几乎没有大士族的出现。陈郡谢氏的出现是个意外，当时东晋并没有军事人才和军队，故此不得不依靠陈郡谢氏。
外部的动乱也是东晋偏安一隅的原因
南方的局面相较于北方而言是比较稳定的
南方的局面通过王导以及其他士族的努力都已经得到了一定的稳定，起码南方士族不会很明显地对于北方士族产生排斥。但是北方并不一样，北方地区的沦陷并不仅仅是一个外族入侵的结果都是由十几个外族入侵的结果。一时的战争利益让外族联合在了一起，后来的利益分配上，外族起了强烈的分歧，故此不少外族势力争相内斗，企图获得比别人更高的利益。以至于主要的五个力量，因为利益等问题，分成了主要十六个国家。
