秀吉黑幕说
此一说是指丰臣秀吉与光秀合谋造反，不过秀吉欺骗光秀，于本能寺之变后打倒光秀，原因是秀吉没有理由以极快的速度由中国地方返回京都。但由于秀吉正在中国地方与毛利军作战，当时听闻主公信长惨死，于是先与毛利议和，逼城主清水宗治切腹，而后以急行军的速度赶回京都，与明智光秀决战于山崎会战。此一假说仍然有一定的根据。
疑点：第一、秀吉与光秀曾一起负责防卫京都的职责，关系不浅。
第二、以五天达成从备中高松城至山崎，将近一百八十公里，这种行军速度，必须在事前有一定程度的准备。
第三、议和也需要时间，何况毛利军态度原先很坚持，谈判的时间理当不短。
第四、秀吉迟迟不将城池攻下，反倒是向信长要援军，甚至使信长亲身前往战场。
第五、光秀已死，真相也就只剩下秀吉单方的说法。
家康黑幕说
本能寺之变时，德川家康正在堺游览，得到消息以后，立刻绕路逃回三河，随即以迅雷不及掩耳之势接管了因信长去世而乱成一团的织田甲斐、信浓等处领土。他的动作之快，也颇费后人思量。再加上织田信长曾下令杀死家康嫡男德川信康与其妻筑山殿，难免想象家康参与本能寺之变来替妻儿报仇。
但史料没有明确证据支持这一说法。
长宗我部黑幕说
此一说是认为长宗我部元亲透过妻兄斋藤利三怂恿明智光秀叛变。2014年6月23日，日本NHK发布信息，称已找到当年元亲与斋藤利三的书信，但所反映的是长宗我部元亲试图通过归顺信长而免于被征伐，明智光秀则力谏信长不要将四国地区交给元亲，信长不纳光秀之言，结果光秀发动了本能寺之变。这是第一次发现四国说的直接证据。
柴田胜家黑幕说
此说是认为明智光秀跟柴田胜家担心如同林秀贞一般遭到肃清，而联手欲推织田信长的侄儿津田信澄上位，但因为津田信澄被丹羽长秀、织田信孝所杀，使柴田胜家在兵变后不敢响应。
理想冲突说
据传教士弗洛伊斯的记载，信长的志向是统一日本后组成大舰队出征世界，而光秀的理想则是光复旧幕府的权威，由此成了谋杀的动机。
同谋说
这个说法以大浦章郎（小说家，历史研究家，代表作为《龙马暗杀之真相》）为代表。
一直以来都认为明智光秀基于对信长的怨恨，加上自己想取得天下的野心，发动了本能寺之变，但是在事件之后明智光秀后续的行事却令人费解。而秀吉能够奇迹式地全军神速从对高松城攻击的态势撤退，以及家康在堺地的行动也耐人寻味。而且家康和秀吉也存在相当充分的动机，如果把他们属下的行动解释为受到了指示，则拼出来的事实真相或许是——当天出现在本能寺的根本不是光秀的军队，光秀本人也没有出现的证据，后来的历史描述或许是故意地扭曲。
当天秀吉属下蜂须贺小六的野武士军团，以及家康配下服部半藏的忍者军团，为了陷害以桔梗旗为军旗的明智光秀军队，在早饭以前的时间共同实行了攻击本能寺的作战，并且散布“明智光秀谋反”的谣言，当真正的光秀军队出现在京都时，不，是被他们引诱出来的，一边放火烧了本能寺逃走，一边在京都到处宣称是光秀干的，于是当光秀发现事情已经无法挽回时，只得继续实行三人的秘谋。
至于幕后操纵三人秘密结谋的，有说法说是安国寺惠琼。安国寺惠琼曾对三人灌输对信长感到不安和恐惧感的言词。以长年为织田家效力的重臣佐久间信盛父子和林通胜被流放甚至处死的先例，来煽动三人都是非常具有说服力的说词。攻击高松城的秀吉曾与出面议和的安国寺惠琼见面，身为毛利家外交僧侣的惠琼也经常滞留在京都，而且在三河一向一揆时脱离德川家的本多正信也有出现在京都的证据。
所以即使光秀、秀吉、家康三人并未离开所在职务，光秀的家臣斋藤利三、秀吉的家臣黑田官兵卫以及家康的家臣本多正信三人可能在京都代表主君结下协定。但是秀吉背叛了盟誓，爆发了山崎之战，家康为了援救光秀，进军到了鸣海，但是不知秀吉里切决心的光秀来不及准备，在山崎败给了秀吉，秀吉为了湮灭证据放火烧了安土城。后来家康在小牧、长久手抵抗秀吉，以及违背对秀吉的承诺，埋了大阪城的壕沟，而后杀死秀赖均是对秀吉里切的报复。
